结论：在起诉“小三”还钱的案件中，是否可以不同意扣减她转过来的钱，需根据具体情况判断，主要取决于转账的性质和目的。
一、转账性质与目的的判断
赠与性质：
- 如果“小三”转过来的钱被认定为赠与，且该赠与行为不违反法律强制性规定或公序良俗，那么原配或债权人可能无权要求扣减这部分钱。因为赠与一旦完成，除非存在法定撤销事由，否则赠与人不得随意撤销。
- 但，如果赠与行为是以破坏婚姻家庭关系为目的，或者赠与的财产属于夫妻共同财产且未经另一方同意，那么该赠与行为可能被认定为无效，此时原配或债权人有权要求返还全部或部分赠与财产。
借款或还款性质：
- 如果“小三”转过来的钱是借款或还款，那么这部分钱应当与案件中的债权债务关系相抵消。在这种情况下，如果“小三”主张扣减这部分钱，法院可能会根据实际情况进行裁决。
- 举例：如果“小三”之前从原配或债权人处借了钱，现在转回来作为还款，那么这部分钱显然应当从债权中扣除。
其他性质：
- 如果转账的性质难以确定，或者存在其他复杂情况（如转账是部分赠与、部分还款等），那么法院可能会根据双方提供的证据和实际情况进行综合判断。
二、法律建议与操作
收集证据：
- 在起诉前，务必收集好所有与转账相关的证据，包括转账记录、聊天记录、证人证言等。这些证据将有助于法院判断转账的性质和目的。
明确诉讼请求：
- 在起诉时，应明确诉讼请求，即要求“小三”返还多少钱。如果不同意扣减她转过来的钱，应在诉讼请求中明确说明，并给出合理的理由和证据。
参与诉讼过程：
- 在诉讼过程中，应积极参与庭审，提供证据，陈述事实，并回应对方的答辩和证据。如果对方主张扣减转账金额，应针对其主张进行反驳和举证。
尊重法院裁决：
- 最终，法院将根据双方提供的证据和实际情况进行裁决。无论裁决结果如何，都应尊重法院的判决，并按照判决履行义务。
三、可能的法律后果
- 如果法院认定转账属于赠与且有效，或者属于借款或还款且应抵消债权，那么可能不同意扣减这部分钱的请求将不会被支持。
- 如果法院认定转账存在无效情形（如以破坏婚姻家庭关系为目的的赠与），或者转账性质难以确定但根据证据应支持原配或债权人的主张，那么可能支持不同意扣减这部分钱的请求。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，因此在处理此类纠纷时，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更准确的法律建议。