协议解除劳动关系后，一般情况下不能通过商事仲裁解决争议，但特定情形下可申请劳动仲裁。以下是对此问题的详细分析：
一、协议解除劳动关系与商事仲裁的关系
商事仲裁主要适用于平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷。而协议解除劳动关系引发的争议，本质上属于劳动争议，其处理机制与商事仲裁存在显著差异。劳动争议应通过劳动争议调解仲裁程序解决，而非商事仲裁。
二、可申请劳动仲裁的情形
尽管协议解除劳动关系后一般不能通过商事仲裁解决，但在以下特定情形下，劳动者仍有权申请劳动仲裁：
协议存在欺诈、胁迫或乘人之危：
- 若用人单位在签订协议时采用欺诈、胁迫手段，或利用劳动者处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使协议显失公平，劳动者可申请仲裁请求撤销协议，并要求相应补偿。
协议内容违反法律法规的强制性规定：
- 若协议中约定了违反法律、行政法规强制性规定的条款，如放弃工伤赔偿权利等，该条款无效。劳动者可申请仲裁要求支付相应权益。
协议未对某些法定权益进行约定或约定不明：
- 如协议中未提及加班工资、未休年休假工资等法定权益，而劳动者有证据证明其存在这些权益，则可就未明确约定的事项申请仲裁。
对协议条款理解存在争议：
- 若双方对协议中的竞业限制、保密条款等执行发生分歧，也可通过劳动仲裁解决。
三、不可申请劳动仲裁的情形
协议是双方真实意思表示，且不违反法律法规强制性规定：
- 若协议是在平等自愿基础上签订的，且内容合法，双方应履行协议义务，不得就已处理事项再次申请仲裁。
协议中明确放弃了后续的仲裁权利：
- 如果协议中明确约定双方已就所有劳动争议达成一致，并放弃了后续仲裁权利，且该约定不违反法律强制性规定，则一般不能再进行仲裁。
四、申请劳动仲裁的流程与注意事项
- 流程：包括提交申请书、仲裁受理、开庭审理、仲裁调解和仲裁裁决等步骤。
- 仲裁时效：劳动者应在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请，逾期可能丧失仲裁权利。
- 证据准备：申请仲裁时，双方均需提供充分证据支持各自主张，如劳动合同、工资记录、考勤记录、解除劳动关系通知等。
五、建议与风险提示
- 签订协议前谨慎审查：劳动者在签订协议解除劳动关系前，应仔细审查协议内容，确保自身权益不受侵害。
- 及时咨询专业律师：若对协议内容或签订过程存在疑虑，建议及时咨询专业律师，以便在必要时通过法律途径维护合法权益。
- 注意仲裁时效：劳动者应密切关注仲裁时效，避免因逾期而丧失仲裁权利。
综上所述，协议解除劳动关系后一般不能通过商事仲裁解决争议，但在特定情形下可申请劳动仲裁。劳动者在签订协议前应谨慎审查，并在必要时及时咨询专业律师。