关于驾驶员扣款是否按照规章制度执行的问题，这主要取决于具体的规章制度内容以及其合法性。

首先，从法律层面来看，现行的劳动法律法规并未明确规定企业具有罚款权。根据《行政处罚法》的规定，罚款只能由法律、法规和行政规章设定，且实施主体仅限于法律法规授权的行政机关等。而《劳动合同法》中，也仅规定了劳动者在违反服务期约定、竞业限制约定，或违法解除劳动合同、违反保密义务等特定情形下，需要向用人单位支付违约金或承担赔偿责任，并未赋予企业普遍的罚款权。

然而，在实际操作中，一些企业可能会通过制定内部规章制度，对驾驶员等员工进行一定的经济处罚。这种情况下，规章制度的合法性就成为了关键。如果规章制度的内容违反了法律法规的强制性规定，或者未经民主程序制定、未公示告知员工等，那么该规章制度就可能被认定为无效，企业依据该规章制度进行的扣款也就可能面临法律风险。

以您提供的案例为例，某公司《驾驶员操作规程安全生产管理制度》中规定了驾驶员发生交通事故后的罚款条款。虽然该条款在公司内部得到了执行，但一旦驾驶员对此提出异议，并诉诸法律途径，那么该条款的合法性就可能受到挑战。如果法院认定该条款违反了法律法规的强制性规定，或者制定程序存在瑕疵，那么公司依据该条款进行的扣款就可能被要求退还。

另外，值得注意的是，不同地区可能针对驾驶员等特定职业制定了专门的记分管理办法或处罚规定。例如，四川省就印发了《四川省道路营运驾驶员记分管理办法》，对道路营运驾驶员的违法违规行为实行量化管理，并规定了相应的记分和处罚措施。这种情况下，驾驶员的扣款或处罚就可能依据这些专门的规定来执行。

综上所述，驾驶员扣款是否按照规章制度执行，需要具体看规章制度的合法性以及是否符合相关法律法规的规定。如果规章制度合法有效，且扣款行为符合规章制度的规定，那么扣款就是合法的；反之，如果规章制度存在瑕疵或违反法律法规，那么扣款就可能面临法律风险。因此，建议企业在制定和执行相关规章制度时，务必确保其合法性和合规性，以避免不必要的法律纠纷。