征地安置补助费抵缴社会保障费用是否合法，主要取决于是否有合法的政策依据、是否履行了法定程序以及是否尊重了农民的意愿。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
政策依据与程序合规：
- 若地方政府为保障被征地农民的长远生计，出台了相关政策规定，明确将部分征地安置补助费用于代缴社会保险费用，并且这些政策是依据上级政府的相关规定或法律法规制定的，那么这种抵缴行为具备合法性基础。
- 在实施抵缴前，必须履行相应的法定程序，如提前告知被征地农民相关政策内容、征询意见、经过村民大会或村民代表大会等民主决策机构的审议通过，并确保整个过程的公开透明。例如，通过召开村民大会，详细解释政策内容和抵缴方式，确保农民充分理解并同意。
农民自愿选择：
- 被征地农民在充分了解政策内容和自身权益的基础上，有权自主选择是否同意从征地安置补助费中抵缴社保费用。若农民明确表示同意，并签订了书面协议，那么这种抵缴行为是基于农民的真实意思表示，具有合法性。例如，农民在了解政策后，认为抵缴社保费用对自己长远生计有利，因此自愿签订协议。
不合法情况
缺乏政策依据：
- 如果地方政府未出台相关政策文件支持从征地安置补助费中抵缴社保费用，或者抵缴行为违反了上级政府的明确规定，那么这种抵缴行为就是不合法的。此时，政府无权擅自截留征地安置补助费用于其他用途。例如，地方政府未出台相关政策，却擅自将安置补助费用于抵缴社保，这显然是违法的。
程序违规：
- 即使存在相关政策支持，但如果政府在抵缴过程中未履行法定程序，如未提前告知农民、未经民主决策等，也会导致抵缴行为的非法性。这侵犯了农民的知情权和参与权，违背了法治原则。例如，政府未召开村民大会，也未提前告知农民，就擅自将安置补助费用于抵缴社保，这是程序违规的。
违背农民意愿：
- 农民对征地安置补助费享有合法的财产权益，是否用安置补助费缴纳社保应当基于农民的自愿选择。如果农民明确表示不同意抵缴，但相关部门仍然强行执行，这种行为严重侵犯了农民的合法权益，属于违法行为。例如，农民在了解政策后，认为抵缴社保费用对自己不利，因此不同意抵缴，但相关部门却强行执行，这是违法的。
权益保障途径
若农民认为自己的征地安置补助费被非法抵缴用于社保，可以通过以下途径维护自身权益：
- 首先，尝试与政府相关部门进行沟通协商，了解抵缴的具体原因和依据，并提出自己的异议。
- 如果沟通无果，可以向当地政府部门或上级政府提出投诉，要求进行调查处理。
- 必要时，还可以通过法律途径来维护自己的合法权益，如申请行政复议或提起行政诉讼。
总结来说，征地安置补助费抵缴社会保障费用的合法性取决于多个因素的综合考量。政府和相关部门在执行相关政策时，必须严格遵守法律法规和程序规定，充分尊重农民的意愿和权益。同时，农民也应积极了解自己的权利和义务，通过合法途径维护自身权益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。