结论前置：协议过了诉讼时效后，义务方付款的，权利方可以接受该付款，且义务方一般不能以诉讼时效已过为由要求返还；但若义务方明确提出诉讼时效抗辩且付款行为存在瑕疵，则可能引发后续争议。以下为具体分析：

1. 诉讼时效届满的法律效果
   根据《民法典》及相关司法解释，诉讼时效届满后，权利人丧失的是“胜诉权”，即法院不再强制义务人履行义务，但权利本身并不消灭。若义务方自愿履行付款义务，法律并不禁止，且履行后一般不能以“不知诉讼时效已过”为由要求返还。这是基于民法中的“自愿履行原则”，即民事主体有权自主处分自己的财产权益。

2. 义务方付款后的法律后果

   • 义务方无异议时：若义务方在付款时未提出诉讼时效抗辩，或明确表示愿意履行债务，则付款行为有效，权利方可合法受领该款项。此后，义务方不得以诉讼时效届满为由主张返还。
     
   • 义务方提出异议时：若义务方在付款后反悔，以诉讼时效届满为由要求返还，法院通常不予支持。但需注意，若付款行为存在瑕疵（如义务方因重大误解而付款，或权利方通过欺诈、胁迫等手段迫使义务方付款），义务方可能通过其他法律途径（如撤销权之诉）主张权利。

3. 实务建议

   • 对权利方而言：若协议已过诉讼时效，但义务方主动提出付款，建议以书面形式确认付款性质（如“自愿履行债务”），并保留相关证据（如转账记录、收据等），以避免后续争议。
     
   • 对义务方而言：若决定不履行债务，应在诉讼时效届满前明确拒绝，并保留书面证据；若已付款后反悔，需评估付款行为是否存在法律瑕疵，再决定是否通过法律途径解决。

总结：诉讼时效届满后，义务方自愿付款的，权利方可合法受领，且义务方一般不能要求返还。但若付款行为存在法律瑕疵，可能引发后续争议。建议双方在交易中注重书面证据的保留，以降低法律风险。如有具体案件，可进一步向我提供细节，我将为您详细分析。