二手房合同中约定由乙方承担增值税，只要该约定是双方真实意思表示且不违反法律法规的强制性规定，就是合法的。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 合同约定的自由度

1. 意思自治原则：根据《民法典》第五条，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。因此，在二手房合同中，买卖双方可以自由约定税费的承担方式。
2. 合同内容的有效性：只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且是双方真实意思表示，那么该合同内容就是有效的。

二. 增值税的承担

1. 税费承担约定：在二手房交易中，增值税的承担通常可以由买卖双方协商确定。如果合同明确约定由乙方承担，且该约定符合上述意思自治和合同内容有效性的要求，那么这一约定就是合法的。
2. 实际履行：虽然合同约定了税费的承担方式，但在实际履行中，双方仍需按照相关法律法规的规定进行税费的申报和缴纳。如果乙方承担了增值税，应确保税费得到正确、合法的处理。

三. 法律后果

1. 合同效力：如果合同中的税费承担约定合法有效，那么双方均应按照约定履行。如果一方违反约定，另一方有权依据合同追究其违约责任。
2. 税费处理：无论税费由哪方承担，都应确保税费的正确申报和缴纳。如果因税费问题导致法律纠纷，双方应依据合同约定和相关法律法规进行处理。

我的观点：在二手房合同中约定由乙方承担增值税是合法的，但前提是这一约定必须是双方真实意思表示且不违反法律法规的强制性规定。同时，双方在实际履行中应确保税费的正确申报和缴纳。如有进一步需要，您可以继续咨询我。