公司员工未备案，发放工资的行为本身并不直接决定其合法性，关键在于是否符合相关法律法规的规定，尤其是关于工资支付和劳动用工备案的要求。以下从不同角度进行分析：

1. 工资支付的基本要求

根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这一规定并未直接要求员工必须备案才能发放工资，而是强调了工资支付的及时性和足额性。因此，从工资支付的基本要求来看，员工未备案并不直接导致工资发放不合法。

2. 劳动用工备案的要求

虽然工资支付本身不直接依赖于员工备案，但劳动用工备案是用人单位的一项法定义务。根据《劳动保障监察条例》等相关规定，用人单位招用劳动者后，应当按照规定办理劳动用工备案手续。这一要求主要是为了规范劳动用工管理，保障劳动者的合法权益。如果用人单位未按照规定办理劳动用工备案手续，可能会面临劳动保障行政部门的处罚，但这并不直接等同于工资发放不合法。

3. 未备案可能带来的法律风险

• 行政处罚风险：如前所述，用人单位未按照规定办理劳动用工备案手续，可能会面临劳动保障行政部门的处罚，如罚款等。
• 劳动争议风险：在未备案的情况下，如果发生劳动争议，如工资纠纷、社保纠纷等，用人单位可能会因为未履行法定义务而处于不利地位。
• 劳动者权益保护风险：未备案可能导致劳动者的权益无法得到充分保障，如无法享受社会保险待遇等。

4. 合法性判断与建议

• 合法性判断：员工未备案并不直接导致工资发放不合法，但用人单位未按照规定办理劳动用工备案手续可能违反相关法律法规，并面临相应的法律风险。
• 建议：
  • 用人单位应当按照规定办理劳动用工备案手续，以规范劳动用工管理，保障劳动者的合法权益。
  • 如果员工未备案，用人单位应当尽快补办备案手续，并确保工资支付的及时性和足额性。
  • 在处理劳动用工和工资支付问题时，用人单位应当咨询专业律师或法律机构，以确保合规性并降低法律风险。

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