针对您提出的“水土保持超过两年以上怎么处罚”的问题，这主要涉及到水土保持管理规定中对于未批先建且逾期未补办手续的处罚条款。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国水土保持法》的相关规定，对于依法应当编制水土保持方案的生产建设项目，如果未编制水土保持方案或者编制的水土保持方案未经批准而开工建设的，这属于违法行为。特别是当项目投产使用已达两年以上时，虽然水行政主管部门可能不再要求生产建设单位补办水土保持方案审批手续（依据行政处罚法第二十九条的相关规定，在特定情境下对补办手续的豁免），但这并不意味着对违法行为的免责。

关键在于，如果生产建设单位在未补办手续的情况下继续其违法行为，或者存在其他违反水土保持管理规定的行为，水行政主管部门将依据相关法律法规进行处罚。具体来说，根据《中华人民共和国水土保持法》第五十三条的规定：

“违反本法规定，有下列行为之一的，由县级以上人民政府水行政主管部门责令停止违法行为，限期补办手续；逾期不补办手续的，处五万元以上五十万元以下的罚款；对生产建设单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分： （一）依法应当编制水土保持方案的生产建设项目，未编制水土保持方案或者编制的水土保持方案未经批准而开工建设的； （二）生产建设项目的地点、规模发生重大变化，未补充、修改水土保持方案或者补充、修改的水土保持方案未经原审批机关批准的； （三）水土保持方案实施过程中，未经原审批机关批准，对水土保持措施作出重大变更的。”

因此，对于水土保持超过两年以上且未补办手续的情况，如果生产建设单位继续存在违法行为，水行政主管部门将责令其停止违法行为，并限期补办手续。如果逾期不补办，将面临五万元以上五十万元以下的罚款，同时对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。

此外，我还想提醒您的是，水土保持是保护生态环境、防止水土流失的重要措施。生产建设单位在进行项目建设时，应严格遵守相关法律法规，编制并报批水土保持方案，确保项目建设过程中的水土保持工作得到有效落实。这不仅是对法律的遵守，更是对生态环境和社会责任的担当。