导致永久基本农田荒废两年以上，将由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正，并可能面临罚款，甚至可能被追究刑事责任。具体分析如下：

一. 法律责任

1. 依据《土地管理法》的相关规定：禁止任何单位和个人闲置、荒芜耕地。对于闲置、荒芜耕地的行为，县级以上人民政府自然资源主管部门有权责令限期改正，并可以处以罚款。若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。这表明，导致永久基本农田荒废是违法行为，必须承担相应的法律责任。

2. 依据《刑法》的相关规定：如果荒废永久基本农田的行为情节严重，可能构成犯罪。根据《刑法》第三百四十二条，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。虽然此条款主要针对非法占用和改变土地用途的行为，但荒废永久基本农田同样可能导致土地毁坏，因此也可能触犯此条款。

二. 处理建议

• 我建议，如果您或您所知的人存在导致永久基本农田荒废的行为，应立即停止该行为，并尽快采取措施恢复土地的耕种条件。同时，主动向当地自然资源主管部门报告，接受相应的处理和指导。
• 如有进一步需要，您可以继续咨询我，了解具体的法律程序和处理方式。

三. 实际案例

• 例如，某村民因外出打工而将自己承包的永久基本农田荒废多年。后来，当地自然资源主管部门发现这一情况，责令该村民限期恢复耕种条件，并处以了相应的罚款。这一案例表明，导致永久基本农田荒废是会被追究法律责任的。