竞业限制补偿金基数是否包含年终奖，主要取决于双方签订的竞业限制协议中的具体约定。以下是对此问题的详细分析：

一、竞业限制补偿金的性质与目的

竞业限制补偿金是用人单位为弥补劳动者因履行竞业限制义务而可能遭受的收入损失所给予的经济补偿。其目的在于确保劳动者在离职后的一定期限内不从事与原单位有竞争关系的业务或工作，从而保护用人单位的商业秘密和竞争优势。

二、通常情况下的计算标准

1. 基本工资或平均工资：在没有特定约定的情况下，竞业限制补偿金通常是按照劳动者离职前的基本工资或者平均工资的一定比例来确定并定期支付。这里的“平均工资”一般指的是基本工资、津贴、补贴等固定性收入。
2. 不包含奖金的惯例：从司法实践和行业惯例来看，竞业限制补偿金一般不包含具有不确定性和激励性的奖金，如年终奖。这是因为奖金的发放往往与劳动者的绩效、公司的盈利状况等因素相关，具有较大的不确定性。

三、双方具体约定的作用

1. 明确约定包含奖金：如果竞业限制协议中明确约定补偿金包含奖金，那么无论奖金的发放是否具有不确定性，都应按照协议执行，将奖金纳入补偿金的计算范围。这种情况下，年终奖作为奖金的一种，自然也会被包含在内。
2. 明确排除或未提及奖金：如果协议中明确约定补偿金不包含奖金，或者对奖金的计算和包含情况未作任何说明，那么在计算补偿金时就不应考虑奖金部分。此时，年终奖不会被计入补偿金基数。

四、法律法规的灵活性

我国《劳动合同法》等相关法律法规对于竞业限制补偿金的具体构成并没有强制性规定，而是允许用人单位和劳动者通过协商来约定具体的补偿标准和构成。这意味着，双方可以在协议中自由约定补偿金是否包含年终奖等浮动收入部分。

五、实践中的应用与建议

1. 审查协议内容：在实际操作中，判断竞业限制补偿金是否包含年终奖的关键在于查阅和分析双方签订的竞业限制协议。如果协议内容不明确或存在争议，可能需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决。
2. 明确约定以避免纠纷：为了避免后续可能出现的纠纷，建议用人单位和劳动者在签订竞业限制协议时，应明确约定补偿金的具体计算标准和构成，包括是否包含年终奖等浮动收入部分。这样可以在发生争议时，有明确的依据可供参考。
3. 寻求专业法律意见：如果双方对补偿金的计算存在异议，或者对协议内容存在疑问，应及时沟通并寻求专业法律意见。这有助于确保协议的合法性和有效性，维护双方的合法权益。

总结与建议：竞业限制补偿金基数是否包含年终奖，主要取决于双方签订的竞业限制协议中的具体约定。在实际操作中，应仔细审查协议内容，并根据相关法律法规和实际情况来处理相关争议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。