核心结论：两套房共用一张协议，若需卖其中一套，处理方式需根据协议具体条款、双方协商情况及法律规定综合判断，具体如下：
协议有明确分割条款
若协议中已明确约定两套房的产权归属、分割方式（如“A房归甲方，B房归乙方”），或约定了“可单独处置”的条款，则卖房时可直接依据协议分割产权，单独出售目标房屋。此时需注意：
- 办理过户时，需提供协议原件及分割证明（如公证文书、法院调解书等），证明出售方对目标房屋有完整处分权；
- 若协议未明确分割方式，但约定了“按份共有”（如甲方占60%，乙方占40%），则需按比例分割产权后出售，或与共有人协商一致后出售。
协议无明确分割条款，但属共同共有
若协议未约定分割方式，且两套房登记为共同共有（如夫妻共同财产、合伙共有），则卖房需经全体共有人同意。此时：
- 需与其他共有人签订补充协议，明确同意出售目标房屋，并约定收益分配方式；
- 若共有人无法达成一致，出售方可能需通过法律途径（如分割共有物诉讼）确认产权份额后，再行出售。
协议存在模糊条款或争议
若协议条款表述不清（如“两套房归双方共有，但未约定分割方式”），或共有人对出售方案有争议，则需：
- 优先通过协商解决，签订书面补充协议；
- 若协商不成，可向法院提起“共有物分割诉讼”，由法院根据出资比例、贡献大小等因素判决产权分割，再依据判决出售房屋。
风险提示：
- 未经共有人同意单独出售房屋，可能构成无权处分，买方可能要求解除合同并索赔；
- 协议条款不明确可能导致诉讼风险，建议出售前委托律师审核协议，必要时办理公证或诉讼确认产权。
建议行动：
- 立即查阅协议原件，重点核对“产权归属”“分割方式”“处置权限”等条款；
- 与其他共有人沟通，争取签订书面同意出售的补充协议；
- 若协议存在漏洞或共有人不配合，尽快联系律师协助处理，避免法律风险。
如有进一步疑问，可直接向我提问，我会结合具体协议内容为您详细分析。