结论是：在员工同意的情况下，可以从其工资中扣除借款，但必须遵循一定的法律程序和限制。

一、法律背景与原则

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者因提供劳动而获得的报酬，属于劳动者的合法财产。在一般情况下，用人单位不得随意扣减劳动者的工资。然而，在特定情况下，如劳动者存在借款未还等债务问题，且双方达成一致意见时，可以从工资中扣除相应款项以偿还债务。

二、具体操作与限制

1. 双方协商一致：

   • 首要条件是员工必须明确同意从其工资中扣除借款。这种同意应当是自愿的、明确的，并且最好以书面形式记录下来，以避免后续纠纷。

2. 扣除比例与限额：

   • 即使员工同意，扣除的比例和限额也受到法律的限制。根据相关规定，用人单位从劳动者工资中扣除用于偿还债务的部分，不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这是为了保护劳动者的基本生活需求。

3. 程序合法性：

   • 用人单位在扣除工资前，应当确保已经与员工进行了充分的沟通，并取得了员工的明确同意。同时，扣除过程应当公开透明，避免任何形式的欺诈或胁迫。

三、法律后果与风险提示

1. 合法扣除的后果：

   • 如果用人单位按照法律规定和双方约定，从员工工资中合法扣除借款，那么这种行为是受到法律保护的。员工在事后不得以任何理由要求返还已扣除的款项。

2. 非法扣除的风险：

   • 如果用人单位未经员工同意，或者扣除的比例和限额超过了法律规定的范围，那么这种行为可能构成违法行为。员工有权向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。在这种情况下，用人单位可能面临罚款、赔偿等法律责任。

四、建议与操作指南

1. 签订书面协议：

   • 为了确保双方的权益得到保障，建议用人单位与员工签订书面协议，明确借款金额、还款方式、扣除比例和限额等关键条款。

2. 遵守法律程序：

   • 在扣除工资前，用人单位应当确保已经履行了所有必要的法律程序，包括与员工进行充分沟通、取得员工明确同意等。

3. 及时咨询专业律师：

   • 如果在操作过程中遇到任何法律问题或疑虑，建议用人单位及时咨询专业律师，以确保自己的行为符合法律规定。

最后，虽然员工同意可以从其工资中扣除借款，但用人单位必须严格遵守法律程序和限制。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。