确实存在限制转让不动产的约定，并且这种约定在法律上是受到保护的。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律基础与规定
《中华人民共和国民法典》第四百零六条：
- 抵押期间，抵押人可以转让抵押财产，但当事人另有约定的除外。这意味着，如果抵押合同中明确约定了禁止或限制转让抵押不动产，那么抵押人在抵押期间内是不得擅自转让该不动产的。
- 抵押财产转让的，抵押权不受影响。这一规定确保了抵押权人的权益不会因抵押财产的转让而受到损害。
- 若抵押人转让抵押财产，应及时通知抵押权人；抵押权人能证明转让可能损害抵押权的，可要求抵押人提前清偿债务或提存转让价款。这一规定为抵押权人提供了必要的保护措施。
最高法院《民法典担保制度解释》第43条及自然资源部《关于做好不动产抵押权登记工作的通知》：
- 禁止或限制转让的约定可以记载于不动产登记簿中，具有法律效力。这意味着，一旦将禁止或限制转让的约定记载于不动产登记簿，该约定就具有了对抗第三人的效力。
- 未经抵押权人同意，记载了禁止或限制转让约定的不动产不能办理转移登记。这一规定确保了不动产登记的准确性和权威性，防止了抵押人擅自转让不动产的行为。
二、实践操作中的情况
金融机构与抵押人的约定：
- 在不动产抵押融资业务中，金融机构为确保债权安全，常在抵押合同中约定限制抵押人转让抵押不动产。例如，企业向银行贷款并以厂房作抵押，合同中会明确贷款未清偿前不得转让厂房，违反则构成违约。
其他债权人与抵押人的约定：
- 在复杂债务关系中，除金融机构外，其他债权人也可能与抵押人约定限制抵押不动产的转让。例如，在民间借贷中，债权人可能要求债务人以其房产作为抵押，并在合同中约定债务未清偿前不得转让该房产。
三、约定的效力及限制
效力：
- 合法有效的禁止或限制转让约定对抵押人具有约束力。如果抵押人违反约定擅自转让不动产，则需要承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
限制：
- 此类约定不得对抗善意第三人。如果受让人在受让不动产时不知且不应知该不动产存在抵押及转让限制，并完成了物权变动手续（如办理了过户登记），则该受让人可以依法取得不动产的所有权。此时，抵押权人只能向抵押人追究违约责任，而不能向受让人主张权利。
四、实际操作建议
- 签订抵押合同时：当事人应充分协商并明确约定相关条款，特别是关于禁止或限制转让不动产的约定，以保护各自权益。
- 办理不动产查册时：应仔细查看是否存在禁止或限制转让的约定，以避免在过户手续中遇到麻烦。
- 金融机构及其他债权人：在放贷或提供融资前，应加强对抵押物状况的审查，确保抵押物的可转让性符合合同约定及法律规定。
综上所述，限制转让不动产的约定在法律上是存在的，并且受到法律的保护。在实际操作中，当事人应严格遵守相关法律规定和合同约定，以确保自身权益得到有效保障。如果您在房产买卖过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。