病假休了三个月，年终奖金的计算需结合公司规章制度、劳动合同及地方性法规综合判断，具体结论需分情况讨论：

1. 若公司规章制度或劳动合同明确约定病假期间年终奖发放规则
   例如：制度规定“全年病假累计超过30天，年终奖按实际出勤比例发放”，或合同约定“病假期间不享受年终奖”，则需按约定执行。此时公司扣除或调整年终奖的行为通常合法，但需确保制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示告知员工，否则可能因程序瑕疵被认定无效。

2. 若公司无明确约定，但地方性法规对年终奖有特殊规定
   部分地区（如江苏、广东）的司法实践中，若年终奖具有劳动报酬性质（如与员工业绩挂钩、往年固定发放），则病假员工有权按实际工作天数比例获得年终奖。例如：员工全年工作9个月、病假3个月，若公司无相反约定，可能需按9/12的比例发放年终奖。但若年终奖属于公司自主福利（如“十三薪”且明确约定发放条件），则可能不受此限制。

3. 若公司无约定且地方无特殊规定，需结合公平原则判断
   若年终奖与员工当年贡献直接相关（如销售提成），病假3个月可能导致实际贡献减少，公司按实际业绩调整年终奖具有合理性；但若年终奖为固定福利（如全员均等的“年终红包”），则公司单方扣除可能涉嫌克扣工资，员工可依据《劳动合同法》第38条主张权益。

建议行动步骤：

• 优先查阅劳动合同、公司规章制度中关于年终奖的条款；
  
• 确认所在地区是否有地方性法规对年终奖作出特殊规定；
  
• 若公司行为涉嫌违法，可先与公司协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

如有进一步细节（如公司制度内容、地方政策等），可向我补充说明，我会为您具体分析。