关于病假期间年终奖的扣除问题，目前没有全国统一的法律规定，具体扣除比例需结合公司规章制度、劳动合同及地方性规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 公司规章制度与劳动合同的约定
   若公司规章制度或劳动合同中明确规定了病假期间年终奖的发放标准（如按病假天数比例扣除、设定最低出勤天数门槛等），且该制度经过民主程序制定并公示，则公司有权按约定执行。例如：

   • 制度规定“病假超过15天，年终奖扣除50%”，您请了2个月病假，可能面临较高比例扣除；
     
   • 若制度仅规定“年终奖与出勤挂钩”，但未明确病假扣除比例，则公司需合理确定扣除标准，否则可能涉嫌克扣工资。

2. 地方性规定的限制
   部分地区对病假期间工资及福利有特殊保护，可能间接影响年终奖。例如：

   • 上海：根据《上海市企业工资支付办法》，病假工资不得低于当地最低工资标准的80%，但未直接规定年终奖。若公司以病假为由完全停发年终奖，可能需证明年终奖与出勤的直接关联性；
     
   • 广东：部分地市规定“病假期间应按比例发放年终奖”，具体需参考当地政策。

3. 年终奖的性质与公平性原则
   年终奖属于劳动报酬的一部分，其发放应遵循公平合理原则。若公司无正当理由（如未在制度中明确规定）单方面扣除全部年终奖，可能构成违法。您可主张：

   • 要求公司提供扣除依据；
     
   • 若公司无法证明合理性，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

建议行动步骤：

1. 查阅公司《员工手册》或劳动合同中关于年终奖的条款；
   
2. 确认当地是否有相关地方性规定；
   
3. 若公司扣除比例明显不合理，可先与公司协商，协商不成可依法维权。
   

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