关于病假两个月对年终奖扣除的影响，这主要取决于您所在用人单位依法制定的规章制度以及国家相关法律法规的规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、用人单位规章制度的作用
自主权依据：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位有权自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，这自然包括了年终奖的发放规则。
规章制度要求：用人单位的规章制度必须经过民主程序制定，比如通过职工代表大会讨论通过，并且需要向劳动者公示告知。这样的规章制度才能作为年终奖扣除的合法依据。
具体规定内容：规章制度中应明确病假与年终奖的具体关联方式，例如规定病假天数与年终奖扣除的比例。如果规章制度中没有相关规定或者规定不明确，用人单位就不能随意扣除员工的年终奖。
二、病假与年终奖的关系考量
年终奖性质：年终奖本质上是对员工一年工作业绩的肯定，通常基于绩效考核结果来发放。
病假影响：员工在请病假期间，可能无法正常履行工作职责，这会影响到工作业绩和绩效考核结果。因此，用人单位可能会根据员工的实际出勤情况和工作表现来调整年终奖。
合理性原则：即使规章制度中有相关规定，用人单位在扣除年终奖时也应遵循合理性原则。特别是对于因严重疾病需要长时间治疗休息的员工，用人单位应给予适当的照顾，避免过度扣除年终奖。
三、法律约束与员工权益保障
法律底线：根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位不得克扣或无故拖欠员工的工资，这包括年终奖。扣除年终奖必须有明确的规章制度依据，并且扣除的金额必须合理。
特殊情形保护：对于处于医疗期内的员工，相关法律法规规定用人单位在支付病假工资或疾病救济费的同时，不得大幅不合理地扣除年终奖。
维权途径：如果您对年终奖的扣除有异议，首先可以与用人单位进行沟通协商。如果协商不成，您可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，甚至提起诉讼来维护自己的合法权益。
四、建议与操作
了解规章制度：建议您首先了解所在用人单位的规章制度，特别是关于病假与年终奖关联的具体规定。
沟通协商：如果您对年终奖的扣除有疑问或不满，可以与用人单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通协商。
寻求法律帮助：如果沟通协商无果，您可以考虑寻求法律帮助，比如咨询律师或向劳动监察部门投诉。
综上所述，病假两个月对年终奖的扣除影响是一个复杂的问题，涉及多方面因素。建议您在了解自己权益的同时，也积极与用人单位沟通协商，必要时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。