针对您提出的“证据来源不合法的案件如何处理”这一问题，我将结合相关法律规定和司法实践，为您详细解答。
首先，我们需要明确什么是证据来源不合法。证据来源不合法，指的是证据的取得方式或途径违反了法律的规定，这可能导致该证据在法庭上不被采纳。证据来源不合法的情形多种多样，主要包括严重侵犯他人合法权益的情形、违反法定禁止性规定的情形以及其他特殊情形。
一、严重侵犯他人合法权益的情形
采用刑讯逼供方法收集的犯罪嫌疑人供述：刑讯逼供不仅违反了刑事诉讼法关于严禁以非法方法收集证据的规定，还严重侵犯了犯罪嫌疑人的人身权利。例如，通过殴打、电击等方式迫使嫌疑人作出有罪供述，此类证据依法应予以排除。
采用威胁、引诱、欺骗等方法收集的证人证言、被害人陈述：通过精神强制手段获取的言词证据，如以暴力相威胁获取证人证言，或以虚假承诺诱导被害人作出陈述，均属于非法取证行为。这类证据在法庭上通常不会被采纳。
通过非法拘禁等非法限制人身自由的方法收集的证据：包括在拘禁期间获取的口供、物证等，因取证过程存在重大程序违法，相关证据不得作为定案依据。
以暴力、威胁方法取得的实物证据：例如通过抢劫、抢夺方式获取的书证、物证，或因取证时实施暴力导致证据载体损坏的，此类证据因来源非法需予排除。
以违反法定程序的方式收集物证、书证并可能影响司法公正且无法补正或合理解释的：如搜查时未出示搜查证、扣押物品未制作清单等程序瑕疵，若无法通过补正或解释消除对司法公正的负面影响，则相关证据不得采信。
二、违反法定禁止性规定的情形
行政执法人员采用偷拍、偷录、窃听等手段获取的侵害他人合法权益的证据材料：在私人场所秘密录制对话、拍摄隐私画面等行为，若侵犯公民隐私权且未获法律授权，所形成的证据不具有合法性。
行政机关在行政程序中非法剥夺公民、法人或其他组织依法享有的陈述、申辩或者听证权利所采用的证据：未履行告知义务即作出行政处罚决定，或在当事人要求听证时拒绝组织的，相关证据因程序违法而无效。
以利诱、欺诈、胁迫、暴力等不正当手段获取的证据材料：包括通过金钱贿赂获取证人证言、伪造证据骗取签名等行为，此类证据因取证手段违法而丧失证明力。
三、其他特殊情形
无执法资格的主体调查收集的证据：非法定执法人员擅自开展侦查活动形成的笔录、鉴定意见等证据，因主体不适格而无效。
取证程序存在技术性违法的证据：如询问笔录未由被询问人核对确认、勘验笔录缺少见证人签名等程序瑕疵，若无法补正或合理解释将影响证据效力。
通过技术侦查措施获取但未经法定程序批准的证据：技术侦查措施的适用须严格遵循法律规定，未经审批擅自使用监听设备获取的材料不得作为证据使用。
案件处理方式：
在案件处理过程中，如果发现证据来源不合法，法庭通常会采取以下措施：
排除非法证据：对于来源不合法的证据，法庭会依法予以排除，不将其作为定案的依据。
要求补充合法证据：如果非法证据被排除后，案件事实无法查清，法庭可能会要求当事人补充合法证据，以支持其主张。
影响案件结果：非法证据的排除可能会影响案件的最终结果，因为合法证据是认定案件事实的基础。
因此，在收集证据时，必须严格遵守法律规定，确保证据的合法性和有效性。如果遇到证据来源不合法的情况，应及时咨询专业律师，以维护自身合法权益。