当您面临只有工资流水和完税证明，但公司不承认劳动关系的情况时，在法庭上您可以通过以下策略进行辩解，以形成完整的证据链来主张您的权益：
一、理解工资流水的法律效力与局限性
首先，要明确工资流水是证明劳动关系的间接证据，它反映了支付主体和金额的规律性，但无法单独证明工作内容、岗位等核心要素。公司可能会试图将工资流水解释为劳务报酬、合作款等非劳动关系款项，因此您需要补充其他证据来强化您的主张。
二、收集并展示补充证据
为了证明劳动关系的存在，您需要收集并展示以下类型的补充证据：
工作记录：
- 邮件、聊天记录：展示您与公司或同事之间的沟通，特别是关于工作任务分配、进度报告等。
- 任务分配文档：如项目计划书、任务清单等，证明您参与了公司的工作。
- 签到表：如果您有签到记录，可以证明您按时到岗工作。
身份凭证：
- 工牌、门禁卡：这些物品通常只有公司员工才能拥有，可以证明您的员工身份。
- 员工手册签收单：如果您签收了员工手册，这可以证明您接受了公司的管理。
第三方证言：
- 同事书面证词：如果可能，获取同事的书面证词，证明您在公司工作。
- 客户合作方证明：如果您的客户或合作方能够证明您代表公司进行了业务活动，这也是有力的证据。
社保/公积金记录：
- 查询您的社保和公积金缴纳单位信息，这些官方记录具有强证明力，可以证明您与公司存在劳动关系。
三、法律救济途径与操作要点
劳动仲裁前置程序：
- 向劳动合同履行地或公司注册地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 提交《劳动争议仲裁申请书》及证据清单，详细陈述您的诉求和事实依据。
诉讼阶段强化策略：
- 如果仲裁结果不满意，您可以向法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，您可以申请法院调查令调取银行转账备注、电子合同等关键证据。
- 利用举证责任倒置规则，如果公司主张未签合同，您可以要求公司承担举证责任，证明双方不存在劳动关系。
执行保障措施：
- 如果胜诉后公司拒不履行判决，您可以申请强制执行财产。
- 将公司列入失信被执行人名单，对其信用造成负面影响。
四、风险防范建议
为了避免未来再次面临类似情况，您可以采取以下风险防范措施：
入职阶段：
- 要求签订书面劳动合同，并保留原件。
- 明确薪资结构、岗位、工作时间等关键条款。
履职过程：
- 定期保存工作成果备份，如项目报告、设计稿等。
- 主动索要加盖公章的考核文件、工作证明等。
离职环节：
- 办理书面交接手续，确保工作交接清晰。
- 留存退工单或解除协议，作为劳动关系终止的证明。
通过以上策略，您可以在法庭上有效地辩解并证明劳动关系的存在，从而维护自己的合法权益。