可以起诉。针对您提出的“原告申请街道办确认拆迁补偿协议违法，街道办作出回复后是否可以起诉”的问题，以下是从不同角度的详细分析：

一、起诉的法律依据

根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。在此情况下，若原告认为街道办确认拆迁补偿协议合法的回复侵犯了其合法权益，或者认为街道办的回复存在违法、不当之处，均有权依法向人民法院提起行政诉讼。

二、起诉的条件

1. 原告资格：原告必须是认为街道办回复侵犯其合法权益的公民、法人或其他组织。
2. 被告明确：被告为作出回复的街道办。
3. 有具体的诉讼请求和事实根据：原告需要明确其诉讼请求，如要求撤销街道办的回复、确认回复违法等，并提供相应的事实根据。
4. 属于人民法院受案范围和受诉人民法院管辖：原告需要确保其起诉的事项属于人民法院行政诉讼的受案范围，并选择有管辖权的人民法院提起诉讼。

三、起诉的流程

1. 准备起诉材料：包括起诉状、证据材料等。起诉状应载明原告和被告的基本信息、诉讼请求、事实和理由等。
2. 向人民法院提交起诉材料：原告应向有管辖权的人民法院提交起诉材料，并缴纳诉讼费用。
3. 人民法院审查：人民法院将对起诉材料进行审查，符合起诉条件的，将予以立案。
4. 开庭审理：立案后，人民法院将安排开庭审理，双方当事人将进行举证、质证和辩论。
5. 判决：人民法院将根据审理情况作出判决，判决可能包括撤销街道办的回复、确认回复违法等。

四、注意事项

1. 时效性：原告应注意起诉的时效性，避免超过法定的起诉期限。
2. 证据收集：原告应充分收集证据，以支持其诉讼请求。证据可能包括拆迁补偿协议、街道办的回复、相关法律法规等。
3. 法律程序：原告应遵守法律程序，按照人民法院的要求进行诉讼活动。

建议：如果您认为街道办的回复存在问题，且符合上述起诉条件，那么您可以依法向人民法院提起行政诉讼。在起诉过程中，建议您充分准备起诉材料，积极收集证据，并遵守法律程序。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。