若法院以不属于民事关系为由拒绝受理案件，当事人再提起行政诉讼时，法院应当受理的法律依据主要在于《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定。具体分析如下：
《中华人民共和国行政诉讼法》第二条：
- 该条款明确规定了行政诉讼的受案范围，即“公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼”。这意味着，如果当事人认为行政机关的行为侵犯了其合法权益，且该行为属于行政行为范畴，那么当事人有权提起行政诉讼。
行政诉讼与民事诉讼的区分：
- 行政诉讼主要解决的是行政机关与公民、法人或其他组织之间的行政争议，而民事诉讼则主要解决平等主体之间的民事权益纠纷。当法院以不属于民事关系为由拒绝受理案件时，这通常意味着该案件不涉及平等主体之间的民事权益纠纷，而可能涉及行政机关的行为。
- 在此情况下，如果当事人认为行政机关的行为侵犯了其合法权益，且该行为不属于《行政诉讼法》第十三条所排除的受案范围（如国防、外交等国家行为；行政法规、规章或者行政机关制定、发布的具有普遍约束力的决定、命令；行政机关对行政机关工作人员的奖惩、任免等决定；法律规定由行政机关最终裁决的行政行为），那么当事人有权提起行政诉讼。
法院应当受理的情形：
- 根据《行政诉讼法》的相关规定，只要当事人提起的诉讼符合行政诉讼的受案范围，且不属于该法第十三条所排除的情形，法院就应当受理。因此，在法院以不属于民事关系为由拒绝受理案件后，如果当事人能够证明该案件涉及行政机关的行为，且该行为侵犯了其合法权益，那么当事人提起的行政诉讼就应当被法院受理。
建议与提醒：
- 在提起行政诉讼前，当事人应仔细审查自己的案件是否符合行政诉讼的受案范围，并准备好相关证据材料以支持自己的主张。
- 如果当事人对法律程序或相关法律规定不熟悉，建议寻求专业律师的帮助以确保自己的权益得到妥善维护。
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