在自家自建房楼顶养鸽子是否违法需分情况讨论，结论如下：

1. 若符合规划、卫生及邻里关系要求，通常不违法
   根据《民法典》第288条（相邻权）及地方性法规，若养鸽行为满足以下条件，一般不构成违法：
   
   • 规划合规：自建房楼顶属于业主专有部分（需有产权证明），且未违反当地城乡规划对建筑用途的限制（如未将住宅改为经营性场所）；
     
   • 卫生达标：鸽子粪便、羽毛等废弃物需及时清理，避免滋生细菌或污染环境（违反《动物防疫法》第30条可能面临处罚）；
     
   • 邻里无异议：未因噪音、异味等问题侵犯邻居相邻权（如《民法典》第296条禁止排放有害物质）。
     

处理建议：

• 主动与邻居沟通，说明养鸽规模及防护措施（如安装隔音网、定期消毒）；
  
• 保留产权证明及规划许可文件，以备查验。

1. 若存在以下情形，可能涉嫌违法：
   
   • 违反地方性法规：部分城市（如北京、上海）出台《养犬管理条例》类文件，将鸽子纳入“家禽家畜”管理范围，禁止在住宅区饲养；
     
   • 改变建筑用途：若楼顶被规划为公共区域（如共有部分），擅自占用养鸽可能违反《物业管理条例》第45条；
     
   • 造成公共危害：如鸽子携带禽流感病毒未采取防疫措施，可能触犯《刑法》第337条（妨害动植物防疫罪）。
     

处理建议：

• 立即停止违法养鸽行为，清理鸽舍；
  
• 若已被行政处罚（如罚款、没收），可申请行政复议或提起行政诉讼。

行动建议：

1. 核查当地《城乡规划条例》《动物防疫条例》及《物业管理条例》，确认是否禁止住宅区养鸽；
   
2. 若邻居投诉，优先协商解决（如调整养鸽时间、增加防护设施）；
   
3. 遇行政处罚或邻里纠纷，可提供相关证据（如产权证明、防疫记录）主张权利。
   

如有具体案例或地方政策疑问，可直接向我咨询细节。