干12天扣三天工资通常不合法。以下从不同角度为你详细分析：
法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。劳动者只要提供了劳动，用人单位就应按照劳动合同约定和国家规定，及时足额支付工资。这意味着，无论劳动者工作了多少天，只要其提供了劳动，用人单位就必须支付相应的工资，而不能随意克扣。
合同条款角度
若劳动合同或规章制度中有干不满一定天数（如一个月）扣三天工资的条款，这种条款因违反法律强制性规定而无效。劳动合同或规章制度中的内容必须符合法律法规的规定，否则将被视为无效条款，不能作为用人单位克扣工资的依据。
特殊情况
不过，若劳动者的行为给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这是法律对用人单位扣除劳动者工资的一种限制，旨在保护劳动者的基本生活需求。
维权途径
若用人单位存在干12天扣三天工资的情况，劳动者可与单位协商解决；协商不成，可向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁维护自身合法权益。劳动监察部门和劳动仲裁机构是劳动者维护自身权益的重要途径，他们有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，并保障劳动者的合法权益。
建议：
如果你还有其他关于劳动工伤方面的问题，可以直接向我咨询。