法院不会直接因被告否认合同是其本人签署就判决合同无效，而是会通过一系列程序和证据审查来确定合同的真实性及效力。以下是对此问题的详细分析：
一、法院对合同真实性的审查
笔迹鉴定：
- 在被告否认合同是其本人签署的情况下，法院通常会要求进行笔迹鉴定。笔迹鉴定是一种科学的方法，通过对比被告的笔迹样本与合同上的签名，来确定签名是否为被告本人所签。
- 如果笔迹鉴定结果显示合同上的签名是被告本人所签，那么法院将认定合同是真实的，被告的主张将不被采纳。
其他证据审查：
- 除了笔迹鉴定外，法院还会审查其他相关证据，如合同签订时的在场证人证言、合同履行过程中的相关证据（如付款凭证、交货单等）等。
- 这些证据可以辅助证明合同的真实性和双方当事人的真实意思表示。
二、合同效力的认定
合同成立与生效：
- 合同的成立需要双方当事人意思表示一致，且内容合法。如果合同是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么合同将成立并生效。
- 被告否认合同是其本人签署，并不直接导致合同无效。合同是否有效，取决于合同本身的内容和双方当事人的真实意思表示。
无效合同的情形：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效合同的情形主要包括：无民事行为能力人实施的民事法律行为；行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为；违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为（但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外）；违背公序良俗的民事法律行为；行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为。
- 被告否认合同签署，并不属于上述无效合同的情形之一。
三、法院的可能判决
如果合同真实有效：
- 如果经过笔迹鉴定和其他证据审查，法院认定合同是真实的，且内容合法，那么法院将判决合同有效，并要求双方当事人按照合同约定履行义务。
如果合同存在瑕疵或无效情形：
- 如果合同存在瑕疵（如签名不真实但双方已实际履行等），或者符合无效合同的情形，那么法院将根据具体情况判决合同无效或部分无效，并可能要求双方当事人承担相应的法律责任。
四、建议与注意事项
保留证据：
- 在签订合同时，双方当事人应保留好相关证据，如合同原件、付款凭证、交货单等，以备不时之需。
及时维权：
- 如果发现合同存在争议或问题，应及时向法院提起诉讼或申请仲裁，以维护自己的合法权益。
咨询专业律师：
- 在处理合同纠纷时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议和帮助，确保当事人的权益得到最大程度的保护。您现在就可以直接向我咨询合同纠纷相关问题。