非营利民办学校的举办者变更时，不可以约定股权变更效益。以下是对此问题的详细分析：
一、非营利民办学校的法律性质
非营利民办学校，作为民办非企业单位的一种，其核心特征在于其非营利性。这意味着学校的资产主要来源于社会捐赠、资助及政府投入，且这些资产应专用于章程规定的业务活动，不得从事营利性经营活动。因此，非营利民办学校的举办者并不享有传统意义上的“股权”，也就无法通过股权转让的方式获取变更效益。
二、举办者变更的法律规定
根据《民办教育促进法》第五十四条的规定，民办学校举办者的变更，须由举办者提出，在进行财务清算后，经学校理事会或者董事会同意，报审批机关核准。这一条款明确了举办者变更的合法性和程序性要求，但并未提及举办者可以在变更过程中获取变更效益。
三、非营利民办学校举办者变更时不得约定变更收益
法律明确禁止：
- 根据《民办教育促进法实施条例(修订草案)(送审稿)》第十一条第一款的规定，非营利性民办学校举办者变更的，应当签订变更协议，并不得从变更中获得收益。这一条款直接禁止了非营利民办学校举办者在变更过程中获取变更效益的行为。
规避监管的风险：
- 实践中，有些举办者可能会尝试通过签订“双协议”（即一份提交给审批机关的“阳合同”和一份内部约定的“阴合同”）来规避监管，试图在内部协议中约定变更收益。然而，这种做法存在极大的法律风险。根据《民法典》的相关规定，以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。因此，“阳合同”在法律上属于无效合同，而“阴合同”的效力则需根据合同内容确定，但很可能因违反法律强制性规定而无效。
- 此外，以无效合同申请举办者变更可能被认定为是“以欺骗、贿赂等不正当手段取得行政许可”的行为，具有被行政处罚的风险。
四、建议与注意事项
严守法律红线：
- 非营利民办学校的举办者在申请变更时，应严格遵守相关法律法规，不得试图通过违规手段获取变更效益。
咨询专业律师：
- 鉴于非营利民办学校举办者变更问题的复杂性和法律风险，建议在进行相关操作前咨询专业律师，以确保合法合规。
保护相关方权益：
- 在变更过程中，应特别注意保护学校、师生、债权人等相关方的合法权益，避免引发纠纷。
综上所述，非营利民办学校的举办者变更时，不可以约定股权变更效益。这是由非营利民办学校的法律性质和相关法律法规所决定的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。