结论前置：在民间借贷案件中，若法院终结5年后发现卷宗中借款合同不见了，责任归属需根据具体情况判断，可能涉及法院、当事人或第三方机构。以下是对此问题的详细分析：
一、责任归属的多种可能性
法院责任：
- 档案管理疏忽：若借款合同在法院档案管理过程中因疏忽或管理不当而丢失，法院可能需承担一定责任。法院有义务妥善保管案件卷宗，确保其完整性和安全性。
- 证据保全不当：在诉讼过程中，法院有责任对关键证据进行保全。若因法院未采取适当措施导致借款合同丢失，法院可能需承担相应责任。
当事人责任：
- 提交证据不完整：若当事人在提交借款合同时未提供完整副本或未妥善保管自己的副本，导致后续无法提供，则当事人可能需承担一定责任。
- 故意隐匿或销毁：若当事人故意隐匿或销毁借款合同，以逃避债务或干扰诉讼，则当事人需承担法律责任，包括可能的刑事责任。
第三方机构责任：
- 鉴定或评估机构：若借款合同在鉴定或评估过程中丢失，且该过程由第三方机构进行，则第三方机构可能需承担一定责任。
- 档案保管机构：若法院将卷宗委托给第三方档案保管机构保管，而该机构因疏忽导致借款合同丢失，则第三方机构可能需承担责任。
二、法律后果与应对措施
法律后果：
- 影响案件再审或执行：借款合同的丢失可能影响案件的再审或执行程序，因为借款合同是证明债权债务关系的关键证据。
- 责任追究：根据责任归属，相关责任方可能需承担民事责任、行政责任甚至刑事责任。
应对措施：
- 申请法院调查取证：当事人可以向法院申请调查取证，要求法院查找或恢复借款合同。法院有权调取相关证据或要求相关机构提供协助。
- 提供其他证据：若借款合同无法找回，当事人可以提供其他证据来证明债权债务关系，如转账记录、聊天记录、证人证言等。
- 追究责任方责任：根据责任归属，当事人可以向责任方追究责任，要求其承担相应的法律后果。
三、建议与预防措施
妥善保管证据：当事人在诉讼过程中应妥善保管所有证据，包括借款合同的原件和副本。建议制作多份副本并分别保管，以防止丢失或损坏。
及时申请证据保全：在诉讼过程中，若当事人担心证据可能丢失或损坏，可以及时向法院申请证据保全。法院将采取措施确保证据的完整性和安全性。
加强与法院沟通：当事人在诉讼过程中应加强与法院的沟通，及时了解案件进展和证据保管情况。若发现证据丢失或损坏，应及时向法院报告并要求采取补救措施。
总结：在民间借贷案件中，若法院终结5年后发现卷宗中借款合同不见了，责任归属需根据具体情况判断。当事人应根据责任归属采取相应的应对措施，并加强证据保管和与法院的沟通，以防止类似情况再次发生。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。