在工程质量违法案件中，合同价款的认定是一个核心且复杂的环节，它直接关系到案件的处理结果和各方当事人的权益。以下是对工程质量违法案件中如何认定合同价款的详细解答：
一、合同价款认定的基本原则
有明确书面约定依约定：
- 如果建设工程合同中双方对价款有明确的书面约定，那么应优先按照该约定来认定合同价款。这是合同自由原则的体现，也是最直接、最明确的认定方式。
招投标后签背离协议的，以中标合同价款认定：
- 如果工程是通过招投标方式订立的合同，但双方后续又签订了背离合同实质性内容的协议，那么在认定合同价款时，应以中标合同的约定价款为准。这是为了维护招投标市场的公平性和秩序。
二、合同价款认定的特殊情况
价款结算有争议可参照当地计价方法或标准：
- 如果当事人对价款结算存在争议，且无法通过协商解决，那么可以参照当地建设行政主管部门发布的计价方法或计价标准进行结算。这是一种相对公平、客观的解决方式。
固定价结算时一方请求鉴定通常不支持：
- 如果合同约定按照固定价结算工程价款，那么一方请求对建设工程造价进行鉴定，通常不予支持。因为固定价结算本身就是双方对工程价款的明确约定，无需再进行鉴定。
三、工程质量与合同价款的关系
工程竣工验收合格，承包人请求支付价款应获支持：
- 如果工程竣工验收合格，那么承包人请求按照合同约定支付价款，应获得支持。这是承包人履行合同义务后应享有的权利。
质量不合格经修复仍不合格则不予支持：
- 如果工程质量不合格，即使经过修复仍然不合格，那么承包人请求支付价款，将不予支持。因为承包人未能履行合同约定的质量义务，无权要求支付价款。
四、工程量争议的处理
- 当事人对工程量有争议按签证等书面文件确认：
- 如果当事人对工程量存在争议，那么应按照施工过程中形成的签证等书面文件进行确认。这是解决工程量争议的最直接、最有效的方式。
五、工程质量违法案件中的特殊考虑
在工程质量违法案件中，除了考虑上述合同价款认定的基本原则和特殊情况外，还需要特别注意以下几点：
违法行为的性质与后果：
- 如果工程质量违法行为导致工程价款发生变动，如因偷工减料导致工程成本降低，那么在认定合同价款时，应充分考虑违法行为的性质和后果，对违法所得进行追缴或处罚。
合同效力的认定：
- 如果建设工程合同因违法行为而无效，如承包人未取得建筑业企业资质或超越资质等级，那么在认定合同价款时，应参照合同关于工程价款的约定进行折价补偿，但需扣除因违法行为导致的额外成本或损失。
修复费用的承担：
- 如果工程质量不合格需要修复，且修复费用应由承包人承担，那么在认定合同价款时，应扣除修复费用后的净额作为支付依据。
综上所述，工程质量违法案件中合同价款的认定是一个复杂且关键的环节，需要综合考虑合同约定、工程质量、违法行为性质与后果等多方面因素。在处理此类案件时，建议咨询专业律师或相关机构以获取更准确、更全面的法律意见。