不合法，公司应当支付辞职当月工作13天的工资。具体分析如下：

1. 工资支付义务
   根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。即使劳动者仅工作13天，公司仍需按实际工作天数支付工资，不得以任何理由克扣。

2. 社保缴纳与工资支付的关系
   公司为劳动者缴纳社保是法定义务，与工资支付无直接关联。即使公司已缴纳社保，也不能因此免除支付工资的责任。若公司以“已缴社保”为由拒付工资，属于违法行为。

3. 维权途径
   若公司拒付工资，劳动者可通过以下方式维权：

   • 协商：与公司沟通，要求按实际工作天数支付工资；
     
   • 投诉：向当地劳动监察大队举报，要求介入调查；
     
   • 仲裁：向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张工资及可能的经济补偿。

建议：保留劳动合同、考勤记录、工资条等证据，以便维权时使用。如有进一步疑问，可直接向我咨询。