针对您提出的“公司申请重新工伤鉴定后怎么赔偿”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、明确再次鉴定结论的影响
首先，需要明确的是，公司申请重新工伤鉴定后，赔偿将依据再次鉴定的结论进行。若再次鉴定结论维持原结论，那么赔偿将按照初次鉴定结论确定的标准执行。若再次鉴定结论改变了原结论，例如伤残等级提高或降低等，则赔偿将根据新的鉴定结论进行调整。
二、赔偿项目与标准
工伤赔偿通常涵盖以下几个主要项目：
医疗费：包括治疗工伤所需的所有合理医疗费用，如诊疗费、药费、住院费等。这些费用将根据实际发生的医疗费用进行报销。
停工留薪期工资：员工因工伤需要暂停工作接受医疗的，原工资福利待遇不变，由公司按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，特殊情况可延长至24个月。
护理费：生活不能自理的员工在停工留薪期需要护理的，由公司负责或支付相应的护理费。护理费的支付标准将根据当地政策规定和实际情况确定。
一次性伤残补助金：根据伤残等级，员工有权获得一次性伤残补助金。具体金额由工伤保险基金或公司支付，以本人工资为基数，按相应月数计发。
伤残津贴（针对五、六级伤残且难以安排工作的员工）：公司应按月支付伤残津贴，五级为本人工资的70%，六级为60%。若津贴低于当地最低工资标准，公司需补足差额。
一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金（解除或终止劳动关系时）：员工提出解除或终止劳动关系的，有权获得这两项补助金。具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，一般会考虑伤残等级、统筹地区上年度职工月平均工资等因素。
三、赔偿流程
了解赔偿项目与标准：公司应全面了解工伤赔偿的项目和标准，以便准确计算赔偿金额。
计算赔偿金额：根据员工的伤残等级、工资水平以及当地的工伤保险规定，计算出各项赔偿的具体金额。
支付赔偿金：公司应尽快将赔偿金支付给员工或其家属。支付方式应与员工协商确定，并确保支付过程的合法性和透明性。
后续跟进：支付赔偿金后，公司应关注员工的康复情况和后续治疗需求，提供必要的帮助和支持。同时，确保员工对赔偿结果满意，避免纠纷。
四、特别注意事项
工伤保险：如果公司为员工购买了工伤保险，部分赔偿费用将由工伤保险基金承担。公司需协助员工向工伤保险机构申请相关赔偿，并确保员工能够及时获得应有的赔偿。
未缴纳工伤保险：若公司未为员工缴纳工伤保险，则所有应由工伤保险基金支付的费用都将由公司承担。
地区差异：具体的赔偿流程和标准可能因地区和政策的不同而有所差异。因此，在实际操作中，建议公司咨询当地的劳动和社会保障部门或专业律师，以确保赔偿工作的合法性和准确性。
综上所述，公司在处理重新工伤鉴定后的赔偿事宜时，应严格按照法律法规执行，确保员工的合法权益得到保障。同时，公司也应关注自身的合法权益和声誉，避免因赔偿问题引发不必要的纠纷。