核心结论：原告反驳发票不能证明款项由被告支付时，需结合交易习惯、资金流向、合同约定等证据链进行抗辩，具体可从以下角度展开：

1. 发票的证明力局限性

根据《发票管理办法》及司法实践，发票仅是付款的初步证据，而非绝对证明。原告可主张：

• 发票与实际付款主体不一致：若被告未提供银行转账记录、现金收据等直接付款凭证，或付款方为第三方（如关联公司、员工代付），则发票无法单独证明款项来源。
  
• 交易习惯佐证：若双方长期存在“先开票后付款”或“第三方代付”的交易模式，需结合合同条款、往期交易记录等，证明发票开具与实际付款主体的分离性。
  

建议：被告应补充提供付款凭证（如转账记录、支票存根）、付款指令（如邮件、聊天记录）或第三方代付的授权文件，形成完整证据链。

2. 合同约定与实际履行冲突

若合同明确约定付款方为被告，但实际履行中存在变更（如口头约定由第三方付款），原告可主张：

• 合同条款优先：根据《民法典》第490条，书面合同对付款主体的约定具有法律效力，除非被告能证明双方通过补充协议或实际行为变更了付款主体。
  
• 实际履行行为推翻书面约定：若被告能证明原告长期接受第三方付款且未提出异议，可能构成对合同付款主体的默示变更。
  

建议：被告需提供合同履行过程中的沟通记录（如邮件、微信）、第三方付款的确认文件（如原告出具的收款说明），以证明实际付款主体与合同约定的一致性或变更合理性。

3. 资金流向的直接证据

原告可能通过以下方式反驳发票的证明力：

• 银行流水核查：要求法院调取原告账户资金明细，证明款项实际来自第三方而非被告。
  
• 现金交易的无痕性：若被告主张现金支付，需提供取款记录、现金交付的见证人证言等，否则可能被认定为未实际付款。
  

建议：被告应避免单纯依赖发票，需同步提供资金流向证据（如转账记录标注“货款”）、现金交付的书面收据或录音录像等直接证据。

4. 举证责任分配

根据《民事诉讼法》第67条，被告作为主张已付款的一方，需承担举证责任。若被告仅提供发票而无其他证据，原告可主张：

• 举证不能的后果：法院可能因证据不足驳回被告的付款主张。
  
• 反证推翻的可能性：若原告能提供相反证据（如自身财务记录显示款项来自第三方），可进一步削弱发票的证明力。
  

建议：被告需在举证期限内主动提交完整证据链，避免因证据单一导致败诉风险。

总结：发票仅是付款的间接证据，原告可通过质疑付款主体、合同履行、资金流向等角度反驳。被告需结合交易习惯、合同约定、直接付款凭证等形成完整证据链，否则可能承担举证不能的法律后果。如有具体案件细节，可进一步提供材料以便针对性分析。