在民事诉讼中，若原告拿出发票作为证据，而被告怀疑其真实性，可以按照以下步骤处理：

1. 被告提出质疑并说明理由：

   • 被告应在法庭审理过程中，及时对发票的真实性提出质疑，并明确说明怀疑不真实的具体理由。这些理由可能包括发票的开具时间、内容、金额与案件事实不符，或者发票的来源、形式存在瑕疵等。

2. 原告提供进一步证据或解释：

   • 面对被告的质疑，原告有义务提供进一步的证据或解释来支持其发票的真实性。这可能包括提供与发票相关的交易记录、合同、付款凭证等，或者对发票的开具过程、内容等进行详细说明。

3. 法庭调查与质证：

   • 法庭将根据双方的陈述和提供的证据，对发票的真实性进行调查。这可能包括要求原告提供发票的原件进行核对，或者委托专业机构对发票的真伪进行鉴定。
   • 在质证过程中，双方都有权对对方提供的证据进行质询和辩论，以揭示证据的真实性和关联性。

4. 法庭根据证据规则作出判断：

   • 法庭将依据《民事诉讼法》及相关司法解释中关于证据的规定，对发票的真实性进行综合判断。如果法庭认为发票真实可靠，且与案件事实具有关联性，那么它将作为认定案件事实的依据。
   • 如果法庭认为发票存在瑕疵或疑点，且原告无法提供进一步证据证明其真实性，那么法庭可能不会将该发票作为认定案件事实的依据。

针对被告怀疑发票不真实的具体建议：

• 及时提出质疑：被告应在收到原告提交的发票证据后，尽快对其真实性提出质疑，并准备相应的反驳证据或理由。
• 积极收集反驳证据：被告可以积极收集与发票相关的交易记录、合同、付款凭证等反驳证据，或者申请法庭对发票的真伪进行鉴定。
• 参与法庭调查与质证：被告应积极参与法庭的调查和质证过程，对原告提供的发票证据进行充分的质询和辩论，以揭示其真实性和关联性。

在处理此类问题时，建议双方都保持冷静和理性，遵循法庭的程序和规则，通过合法途径维护自己的权益。如果双方对发票的真实性存在争议，且无法通过协商解决，那么最终将由法庭根据证据规则作出判断。