怀孕后和公司签了停薪留职协议，其合法性需分情况讨论：
若停薪留职协议是双方自愿协商一致并达成书面协议的，则合法。
- 在这种情况下，怀孕女职工因身体等特殊原因主动向公司提出停薪留职申请，并且双方经过协商后达成了一致意见，签订了书面协议。这种安排是合法的，因为它基于双方的自愿和平等协商，没有违反法律法规的强制性规定。
若停薪留职协议是公司单方面要求怀孕员工签订的，则一般不合法。
- 根据《中华人民共和国劳动法》第二十九条和《女职工劳动保护特别规定》第五条，女职工在孕期、产期、哺乳期内的，用人单位不得解除劳动合同，也不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。公司单方面要求怀孕员工停薪留职，实际上损害了女职工获得劳动报酬的基本权利，很可能构成违法行为。
法律分析：
- 法律法规依据：上述提到的《中华人民共和国劳动法》和《女职工劳动保护特别规定》是判断此类行为合法性的主要依据。这些法律法规旨在保护女性员工的合法权益，避免因其生理特殊时期而遭受不公正待遇。
- 停薪留职的本质与风险：停薪留职本质上意味着员工停止工作，用人单位停止支付工资，但保留职位。对于怀孕女职工而言，这种安排可能损害其经济权益，因为她们在孕期仍然有权享受与正常工作时相同的工资待遇。
实际建议：
- 与公司沟通协商：如果公司提出停薪留职的要求，怀孕女职工应首先明确自己的法律权益，并与公司进行沟通协商。可以表达自己的意愿和需求，寻求双方都能接受的解决方案。
- 寻求法律帮助：如果无法与公司达成一致意见，怀孕女职工可以及时寻求专业的法律帮助。可以向劳动监察部门投诉，要求公司纠正违法行为；也可以选择申请劳动仲裁，主张恢复劳动关系，并要求公司支付停薪期间的工资损失及其他相关赔偿。
可能后果：
- 公司面临法律责任：如果公司未经合法程序对怀孕女职工停薪留职，可能面临劳动监察部门的处罚和劳动仲裁机构的裁决，需要承担相应的法律责任。
- 女职工权益得到保障：通过法律途径维护自己的合法权益，怀孕女职工有可能恢复劳动关系，并获得停薪期间的工资损失及其他相关赔偿。
总之，怀孕后和公司签停薪留职协议的合法性取决于双方是否自愿协商一致并达成书面协议。面对公司的不合理要求，怀孕女职工应勇敢维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。