若工厂在您辞职时扣工资，这是不合法的，您有权通过合法途径维护自身权益。以下是从不同角度为您提供的分析和建议：
一、明确工厂扣工资行为的合法性
首先，您需要明确工厂扣工资的行为是否合法合规。根据相关法律规定，用人单位不得随意克扣劳动者工资。若工厂以不合理理由扣工资，比如未提前告知的规章制度为由扣钱等，这种行为是违法的，您有权要求工厂给出合理说明。
二、与工厂进行沟通协商
- 主动沟通：您可以主动与公司人力资源部门或上级领导联系，表明自己的立场，要求工厂按照正常流程支付应得工资，并说明扣工资行为不合理。
- 保留记录：在沟通过程中，注意保留相关记录，如聊天记录、通话录音等，以便在需要时能有力支持自己的主张。
三、向劳动监察部门投诉
若与工厂协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉。具体步骤如下：
- 准备材料：准备好能证明劳动关系的材料，如劳动合同、工资条、工作证等。
- 提交投诉：前往当地劳动监察大队反映情况，请求其介入调查处理，督促工厂支付工资。
- 跟进处理：劳动监察部门有权对工厂的工资支付情况进行调查，并责令其改正。您可以跟进处理进度，确保问题得到解决。
四、申请劳动仲裁
若对劳动监察部门的处理结果不满意，或者工厂拒绝支付工资，您可以向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请。具体步骤如下：
- 准备仲裁材料：包括仲裁申请书、身份证复印件、相关证据材料等。
- 提交仲裁申请：将仲裁材料提交给劳动争议仲裁委员会，详细阐述工厂扣工资的事实和诉求。
- 参加仲裁庭审：仲裁委员会会根据双方提供的证据进行审理，并安排庭审。您需要按时参加庭审，并陈述自己的观点和诉求。
- 等待仲裁裁决：仲裁委员会会根据审理情况作出裁决。若对裁决结果不满意，您还可以在规定时间内向法院提起诉讼。
五、可能的法律后果
- 工厂支付工资及赔偿金：若工厂被认定存在违法行为，劳动监察部门或仲裁委员会可能会责令工厂支付您应得的工资，并可能要求工厂支付赔偿金。
- 工厂面临行政处罚：工厂若存在违法行为，还可能面临劳动监察部门的行政处罚，如罚款等。
六、建议与提醒
- 保留证据：在整个过程中，您要注意保留好相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、离职证明以及与工厂沟通协商的记录等。
- 及时行动：一旦发现工厂有扣工资的行为，要及时采取行动，避免超过法律规定的时效期限。
- 寻求专业帮助：若您对法律程序不熟悉或遇到复杂情况，可以寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分维护。
最后，希望您能顺利解决这个问题，维护自己的合法权益。若您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。