企业自行决定进入清算程序后，员工仍然可以提起劳动仲裁。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动仲裁是解决劳动争议的重要途径之一。当企业与员工之间因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等事项发生争议时，员工有权依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。这一权利并不因企业进入清算程序而丧失。
二、企业清算程序对员工权利的影响
清算程序中的权利保护：
- 企业进入清算程序后，其民事主体资格仍然存在，但主要活动限于清算范围内。这意味着，企业仍需承担其原有的法律义务，包括与员工之间的劳动合同义务。
- 在清算过程中，清算组应当依法处理企业财产，并按照法定顺序清偿债务。其中，员工工资、社会保险费用等属于优先清偿的范围。
员工仲裁权利的行使：
- 员工在企业进入清算程序后，如果发现自己的合法权益受到侵害（如未支付工资、未缴纳社会保险等），仍然可以依法向劳动争议仲裁委员会提起仲裁。
- 仲裁过程中，员工需要提供相关证据证明自己的主张，如劳动合同、工资单、社保缴纳记录等。
三、员工提起劳动仲裁的注意事项
及时行使权利：
- 员工应当在企业进入清算程序后，及时关注自己的权益状况。一旦发现权益受到侵害，应尽快向劳动争议仲裁委员会提起仲裁，以免错过仲裁时效。
准备充分证据：
- 在提起仲裁前，员工应收集并整理好相关证据，如劳动合同、工资单、社保缴纳记录、工作证等，以证明自己与企业之间存在劳动关系以及权益受到侵害的事实。
关注清算进展：
- 员工在提起仲裁的同时，也应关注企业的清算进展。如果清算组已经对企业财产进行了分配，员工可能需要通过参与清算程序来维护自己的权益。
四、可能的法律后果
仲裁裁决的执行：
- 如果员工提起的劳动仲裁获得支持，仲裁委员会将出具仲裁裁决书。企业应当依法履行裁决书确定的义务，如支付工资、经济补偿等。
- 如果企业不履行裁决书确定的义务，员工可以向人民法院申请强制执行。
清算程序中的优先清偿：
- 在企业清算过程中，员工的工资、社会保险费用等属于优先清偿的范围。这意味着，在清算财产分配时，员工的这些权益将得到优先保障。
总结与建议：
企业自行决定进入清算程序后，员工仍然可以提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。在提起仲裁前，员工应准备充分证据并关注企业的清算进展。如果仲裁获得支持而企业不履行义务，员工可以向人民法院申请强制执行。同时，员工也应了解在企业清算过程中自己的权益将得到优先保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。