结论概述：
公司申请清算并不影响已生效的劳动仲裁裁决或法院判决书的执行。劳动者仍可依据这些法律文书向清算组申报债权，并参与公司清算程序以维护自身权益。
详细分析：
劳动仲裁裁决与法院判决书的效力：
- 劳动仲裁裁决和法院判决书在生效后，具有法律上的强制执行力。这意味着，无论公司是否进入清算程序，这些法律文书所确定的权利义务关系都是不可改变的。
- 劳动者作为胜诉方，有权依据这些法律文书要求公司履行支付义务，如支付工资、经济补偿等。
公司清算程序的影响：
- 当公司进入清算程序时，其资产将被清算组接管，并用于清偿债务。这包括了对劳动者的债务清偿。
- 劳动者应尽快向清算组申报债权，提供相关的劳动仲裁裁决书或法院判决书作为证据，以便清算组在清算过程中予以考虑。
劳动者在清算程序中的权益保护：
- 劳动者作为公司的债权人，有权参与公司清算程序，了解清算进展，并对清算方案提出异议（如有必要）。
- 如果清算组未将劳动者的债权纳入清算范围，或未按照法律文书确定的金额进行清偿，劳动者可以向法院提起诉讼，要求清算组履行清偿义务。
特殊情况下的处理：
- 如果公司已经资不抵债，无法清偿全部债务，那么劳动者可能只能按照清算程序规定的比例获得部分清偿。但即便如此，劳动者的债权仍然具有优先性，应在其他普通债权之前得到清偿（具体优先顺序需根据相关法律法规确定）。
- 如果公司存在恶意逃避债务、隐匿资产等行为，劳动者可以向相关部门举报，并寻求法律援助以维护自身权益。
法律建议：
- 及时申报债权：劳动者应尽快向清算组申报债权，并提供相关的法律文书作为证据。
- 关注清算进展：劳动者应密切关注公司清算程序的进展，确保自己的债权得到妥善处理。
- 寻求法律援助：如果劳动者在清算过程中遇到任何问题或困难，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。
可能法律后果：
- 如果劳动者未及时申报债权或未参与清算程序，可能会导致其债权无法得到清偿或清偿比例降低。
- 如果清算组未依法履行清偿义务或存在其他违法行为，可能会面临法律责任和处罚。
总之，公司申请清算并不影响已生效的劳动仲裁裁决或法院判决书的执行。劳动者应积极行使自己的权利，参与公司清算程序，以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。