公司存在劳动纠纷时，确实可以自行清算，但必须妥善处理与员工的劳动关系及相关纠纷，以确保清算的顺利进行和职工权益的保障。以下从多个角度为你详细分析：

一、法律层面

根据《公司法》等相关法律法规，存在劳动纠纷并不构成禁止公司清算的法定情形。只要公司符合法定的清算条件，如公司章程规定的营业期限届满、股东会决议解散、因合并或分立需要解散、依法被吊销营业执照等，即可启动清算程序。

二、实际操作中的影响及应对

劳动纠纷的存在会对清算工作产生重要影响，主要体现在职工权益保障和债务认定与清偿两个方面。

1. 职工权益保障

   • 清算过程中，清算组负有处理劳动纠纷涉及的职工权益问题的责任和义务。这要求清算组在清算过程中，要积极与员工沟通，了解他们的诉求，并依法依规进行处理。
   • 根据法律规定，公司清算时，职工的工资、社会保险费用和法定补偿金等优先于普通债权受偿。若劳动纠纷未得到妥善处理，可能导致职工权益受损，进而引发劳动仲裁、诉讼等更多法律程序，拖延清算进程。因此，清算组应高度重视职工权益的保障，确保在清算过程中不损害员工的合法权益。

2. 债务认定与清偿

   • 劳动纠纷可能涉及公司需支付给员工的各类费用，如经济补偿金、加班工资等，这些费用在纠纷未解决前金额不确定。这增加了清算工作的难度，因为清算需要准确核算公司的债权债务。
   • 为了应对这一挑战，清算组应积极与员工协商，尽快解决劳动纠纷，确定应支付的费用金额。同时，在制定清算方案时，要充分考虑这些不确定因素，确保清算方案的合理性和可行性。

三、清算过程中的注意事项

公司在决定进行清算时，应特别注意以下几点：

1. 及时成立清算组：公司决定解散后，应在15天内成立清算组开始清算工作，确保清算工作的及时进行。
2. 妥善处理劳动关系：清算组需负责处理公司的财产，包括与员工的劳动关系和工资等问题，确保职工权益得到保障。这要求清算组具备专业的法律知识和处理劳动纠纷的能力。
3. 优先清偿职工权益：在清算过程中，若发现公司财产不足以支付全部债务，应先清偿职工的工资、社会保险费用和法定补偿金等，再偿还其他债务。这是法律规定的优先顺序，清算组必须严格遵守。
4. 合规通知与公告：清算过程中需按照法律规定通知债权人，并发布清算公告，确保清算程序的合法性和透明度。这有助于保护债权人的合法权益，避免引发不必要的法律纠纷。

综上所述，公司虽可在有劳动纠纷的情况下进行清算，但必须高度重视并妥善处理劳动纠纷。如果你在劳动仲裁或公司清算方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。