结论前置：针对公司预支工资给员工没有备注，事后员工不认的情况，公司可以从法律证据、公司内部管理、沟通协商及法律途径等多个角度来应对和解决。
一、法律证据角度
收集其他证据：
- 尽管预支工资时没有备注，但公司可以尝试收集其他相关证据来证明预支工资的事实，如转账记录、银行流水、员工签收的预支工资单（如果有的话）、与员工的聊天记录或邮件往来等。
- 这些证据可以形成证据链，证明公司确实向员工预支了工资，且员工已经收到。
法律后果分析：
- 如果公司无法提供充分证据证明预支工资的事实，而员工又否认收到预支工资，那么在法律上，公司可能面临无法追回预支工资的风险。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。因此，公司需要承担举证责任，否则可能承担不利后果。
二、公司内部管理角度
完善预支工资流程：
- 公司应制定明确的预支工资流程，包括预支申请、审批、发放、签收等环节，并确保每个环节都有书面记录。
- 在发放预支工资时，应要求员工在工资单或相关文件上签字确认，以作为日后追讨的依据。
加强员工培训：
- 公司可以定期对员工进行财务和法律方面的培训，提高员工的法律意识和诚信意识，减少类似纠纷的发生。
三、沟通协商角度
与员工进行沟通：
- 在发现员工不认预支工资后，公司应首先尝试与员工进行沟通，了解员工不认的原因，并尝试通过协商解决问题。
- 沟通时，公司可以出示相关证据，如转账记录、银行流水等，以证明预支工资的事实。
寻求第三方调解：
- 如果沟通无果，公司可以考虑寻求第三方调解机构的帮助，如劳动争议调解委员会等，以促成双方达成和解。
四、法律途径角度
提起民事诉讼：
- 如果通过沟通协商和第三方调解都无法解决问题，公司可以考虑向法院提起民事诉讼，要求员工返还预支的工资。
- 在提起诉讼前，公司应确保已经收集了充分的证据来证明预支工资的事实和员工的否认行为。
申请劳动仲裁：
- 如果预支工资纠纷与劳动合同或劳动关系有关，公司也可以考虑向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 仲裁过程中，公司需要提供相关证据来支持自己的主张，并遵循仲裁程序进行。
建议与提醒：
- 在处理此类纠纷时，公司应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语攻击员工。
- 公司应重视证据的收集和保存工作，确保在纠纷发生时能够提供充分证据来支持自己的主张。
- 如果公司对法律程序不熟悉或担心处理不当，可以寻求专业律师的帮助来指导整个处理过程。
后续行动指南：
- 公司应立即着手收集相关证据，包括转账记录、银行流水、与员工的沟通记录等。
- 同时，公司可以与员工进行再次沟通，尝试通过协商解决问题。
- 如果沟通无果，公司可以考虑寻求第三方调解或提起民事诉讼/申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
如有任何进一步的问题或需要法律帮助，请直接向我咨询。