每天工作12小时但每周不超过40小时，在大多数情况下是不合法的。下面我将从不同角度为您详细分析：

一、正常情况下的工时规定

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是保障劳动者休息权益、维护其身体健康的基本法律原则。因此，在正常情况下，用人单位要求员工每天工作12小时，即使每周总工作时间不超过40小时，也明显超出了法定每日工作时间，属于违法行为。

二、特殊情况下的工时安排

虽然一般情况下每天工作12小时是不合法的，但也存在一些特定情况或特殊行业规定，使得在某些条件下，这种安排可能变得合法或得到允许：

1. 特殊工时制度：

   • 对于因工作性质和生产特点不能实行标准工时制度的企业，经劳动行政部门批准，可以实行不定时工作制或综合计算工时工作制。在综合计算周期内，虽然某一具体日的实际工作时间可能超过8小时，但整个周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。这主要适用于如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等需要连续作业的特殊行业。
   • 但需要注意的是，即使实行特殊工时制度，也必须经过劳动行政部门的审批，且平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。

2. 加班程序合规：

   • 根据《劳动法》第四十一条的规定，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。
   • 在此情况下，如果用人单位履行了法定加班程序，并支付了相应的加班工资（平时加班支付不低于工资的150%的报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的300%的报酬），那么包含加班时间的每天工作12小时可能是合法的。但这种情况下的每周总工作时间往往会超过40小时，且需要严格的审批和支付加班费。

3. 紧急特殊情况：

   • 在发生自然灾害、事故或其他威胁劳动者生命健康和财产安全的情况下，或者生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障且必须及时抢修时，延长工作时间可以不受上述法定限制。这是为了应对突发状况、保护公共利益和劳动者安全而做出的特殊规定。

三、劳动者权益保护

• 如果用人单位违反工时规定，强制要求员工长时间工作并未按规定支付相应薪资，将被视为严重违法行为。
• 劳动者有权拒绝超过法定工作时间的工作安排，并有权要求用人单位支付加班费或进行相应的补偿。
• 劳动者可通过与用人单位协商解决争议，协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。

总结来说，每天工作12小时但每周不超过40小时，在大多数情况下是不合法的。除非符合特殊工时制度、加班程序合规或存在紧急特殊情况，并经过相应的审批和支付了加班费。作为劳动者，您应充分了解自己的工作时间权益，并在必要时采取适当措施维护自身合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。