当房东不配合办理营业执照时，租户可以通过以下途径来维护自己的合法权益：
检查租赁合同条款：
- 首先，仔细查看您与房东签订的租赁合同，特别是关于房东是否需协助办理营业执照的相关条款。如果合同中有明确规定房东需协助办理营业执照，而房东未履行该义务，则构成违约。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，您有权要求房东承担违约责任，包括继续履行协助义务、赔偿因延迟协助造成的损失等。
与房东友好沟通：
- 在明确合同约定后，尝试与房东进行积极、友好的沟通。向房东说明办理营业执照对您开展经营活动的重要性，以及房东协助办理营业执照的合法性和合理性。同时，了解房东不协助的原因，并针对不同原因寻求解决方案。例如，如果房东担心办理营业执照会带来额外的责任或风险，您可以向房东解释相关法律法规，消除其顾虑。
发送书面通知：
- 如果沟通无果，您可以向房东发送书面通知，明确要求房东在一定合理期限内（如7个工作日）协助办理营业执照。书面通知中应包含合同中关于协助办理营业执照的条款或附随义务的说明，以及逾期不协助将采取进一步法律措施的警告。通过挂号信、EMS等方式邮寄书面通知，并保留邮寄凭证作为证据。
寻求第三方调解：
- 如果书面通知后房东仍不配合，您可以寻求第三方调解。第三方可以是当地居委会、街道办事处、房地产中介机构等。向第三方详细说明事情经过和诉求，提供相关证据材料，并配合调解工作。在调解过程中，听取房东意见，在合理范围内协商妥协，争取达成一致意见。
咨询相关部门与提起诉讼：
- 在解决问题的过程中，您也可以咨询当地工商部门或相关部门，获取专业建议或帮助。如果经上述步骤仍无法解决问题，您可以考虑向人民法院提起诉讼。在提起诉讼前，收集相关证据，包括租赁合同、沟通记录、书面通知及邮寄凭证、第三方调解记录等。撰写起诉状，明确诉讼请求，如要求房东继续履行协助义务、承担违约责任、赔偿损失等。向有管辖权的人民法院提交起诉状和相关证据材料，缴纳诉讼费用。法院受理案件后，将按照法定程序进行审理和判决。
在处理此类问题时，租户需要注意以下几点：
- 保持冷静和理智：在整个过程中，保持冷静和理智至关重要。避免与房东发生冲突或争吵，以免影响问题的解决。
- 收集并保留好所有相关证据：包括租赁合同、沟通记录、书面通知及邮寄凭证、第三方调解记录等。这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用。
- 及时咨询专业律师：虽然我在这里为您提供了一些法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理此类问题时，及时咨询专业律师是非常重要的。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。
最后，需要强调的是：办理营业执照是开展合法经营活动的重要前提。如果房东不配合办理营业执照，租户有权通过法律途径来维护自己的合法权益。在整个过程中，租户应坚持合法、合理、有序的原则，确保自己的权益得到有效维护。