结论前置：招标公司在处理质疑文件时，将质疑供应商的信息涂掉，这一行为是否符合法律法规，需结合具体情况判断，但一般情况下，这种做法可能不符合法律法规的要求，因为它可能妨碍了质疑处理的透明度和公正性。
一、法律法规对招投标质疑处理的要求
在招投标活动中，投标人和其他利害关系人享有对招标文件、开标过程、评标结果等事项提出异议和投诉的权利。相关法律法规，如《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例，以及《工程建设项目招标投标活动投诉处理办法》等，均明确规定了异议和投诉的提出、处理及答复程序。这些规定旨在确保招投标活动的公平、公正和透明，保护各方当事人的合法权益。
二、质疑文件处理的原则
透明度原则：招投标活动应遵循公开、公平、公正的原则，质疑文件的处理也应体现这一原则。将质疑供应商的信息涂掉，可能妨碍了其他投标人或利害关系人了解质疑的来源和内容，从而影响了质疑处理的透明度。
公正性原则：质疑处理应公正无私，确保所有相关方的权益得到平等保护。涂掉质疑供应商的信息，可能引发对质疑处理公正性的质疑，因为其他方无法确认质疑是否来自具有合法利益的主体。
三、可能涉及的法律后果
如果招标公司涂掉质疑供应商的信息，且这一行为被认定为妨碍了质疑处理的透明度和公正性，那么招标公司可能面临以下法律后果：
行政监督部门的处罚：根据相关法律法规，行政监督部门有权对违反招投标规定的招标人进行处罚，包括警告、罚款等。
质疑或投诉的重新处理：如果涂掉质疑供应商信息的行为被认定为不当，那么原有的质疑或投诉处理结果可能被撤销，并需要重新进行处理。
民事赔偿责任：如果招标公司的行为给质疑供应商或其他利害关系人造成了损失，那么招标公司可能需要承担相应的民事赔偿责任。
四、建议与措施
保持质疑文件的完整性：招标公司在处理质疑文件时，应保持文件的完整性，包括质疑供应商的信息。这有助于确保质疑处理的透明度和公正性。
遵循法定程序：招标公司应严格按照相关法律法规规定的程序处理质疑和投诉，确保所有相关方的权益得到平等保护。
加强内部管理：招标公司应加强内部管理，提高员工对招投标法律法规的认识和遵守意识，避免类似不当行为的发生。
最后，如果您在招投标活动中遇到了类似问题或其他法律问题，欢迎直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。