合同逾期一天违约金5‰（即0.5%，用户问题中“5”应理解为5‰的简写，以下均按此理解）的合法性不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定与法律规定
合同约定：
- 如果合同双方在签订合同时已经明确约定了逾期付款的违约金比例为每日5‰，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定在双方之间是具有法律效力的。双方应按照合同约定执行，违约方需承担相应的违约责任。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
- 在其他合同纠纷中，虽然没有统一明确等同于民间借贷的利率上限标准，但如果违约金过高，当事人同样可以请求法院或者仲裁机构予以适当减少。
二、违约金的合理性
- 违约金的数额应具有合理性，不应过高或过低。每日5‰的违约金比例是否合理，需结合违约行为可能造成的实际损失进行判断。
- 如果因为违约方的违约行为给对方造成的损失接近或者能够证明可能达到这个5‰的日违约金水平（例如，违约导致对方错过了重要的商业机会，造成了可预见的直接经济损失），那么该违约金比例可能被认定为合理合法。
- 如果违约方能够证明约定的违约金过分高于造成的损失（例如，违约仅导致对方轻微的不便或额外成本，远未达到每日5‰的损失程度），法院或者仲裁机构会适当减少违约金。
三、实际操作中的建议
合同签订时：
- 双方应充分协商并明确约定逾期付款的违约金条款，包括违约金的数额、计算方式及支付期限等。确保违约金条款既具有威慑力又不至于过分苛刻，以维护合同的公平性和可执行性。
- 可以考虑设置违约金上限，以避免因违约金过高而引发的争议。
纠纷发生时：
- 如果发生逾期付款的情况，双方应首先尝试通过友好协商解决纠纷。协商过程中，可以就违约金的合理性进行讨论，并尝试达成双方都能接受的解决方案。
- 协商不成时，守约方可依据合同约定或法律规定向法院或仲裁机构提起诉讼或仲裁请求。在诉讼或仲裁过程中，违约方可以提出违约金过高的抗辩，请求法院或仲裁机构适当减少违约金。
四、可能的法律后果
- 如果法院或仲裁机构认为约定的违约金过高，可能会根据公平原则和诚实信用原则，以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，对过高的违约金进行调整。
- 调整后的违约金数额将更符合实际损失情况，也更有可能被双方接受和执行。
综上所述，合同逾期一天违约金5‰的合法性需结合合同约定、法律规定以及违约金的合理性进行综合判断。在实际操作中，双方应谨慎约定违约金条款，并在发生纠纷时及时寻求法律途径解决。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。