结论前置：在异地预缴增值税扣除分包款时，合法凭证主要是发票，付款凭证并非法定必需，但在特定情况下可作为辅助证明材料。以下从不同角度详细分析：

1. 法定凭证要求：发票是核心

根据《国家税务总局关于发布〈纳税人跨县（市、区）提供建筑服务增值税征收管理暂行办法〉的公告》（国家税务总局公告2016年第17号）第六条规定，纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，按照规定从取得的全部价款和价外费用中扣除支付的分包款时，应当取得合法有效凭证，包括：

• 从分包方取得的2016年4月30日前开具的建筑业营业税发票；
• 从分包方取得的2016年5月1日后开具的，备注栏注明建筑服务发生地所在县（市、区）、项目名称的增值税发票；
• 国家税务总局规定的其他凭证。

关键点：法律明确将发票列为扣除分包款的法定凭证，未要求必须提供付款凭证。

2. 付款凭证的辅助作用

虽然付款凭证不是法定必需，但在以下场景中可能具有实际意义：

• 证明资金流向：若税务机关对分包款的真实性存疑，付款凭证（如银行转账记录、收据等）可辅助证明款项已实际支付；
• 内部管理需求：企业为规范财务流程，可能要求同时留存付款凭证以备审计；
• 争议解决：在发生合同纠纷时，付款凭证可作为履行付款义务的证据。

注意：付款凭证仅能辅助证明交易真实性，不能替代发票作为税前扣除的法定依据。

3. 实务操作建议

• 优先取得合规发票：确保分包方开具的增值税发票符合备注栏要求（项目名称、地址等），避免因凭证不合规导致无法扣除；
• 保留付款凭证：虽非强制，但建议保存银行转账记录、合同等材料，形成完整证据链；
• 关注地方政策：部分地区可能对凭证要求有细化规定，需结合当地税务机关的解释执行。

4. 风险提示

若未取得合法发票，仅凭付款凭证扣除分包款，可能面临以下风险：

• 不得抵扣进项税：导致多缴增值税；
• 补缴税款及滞纳金：税务机关核查时，可能要求补缴已扣除但无凭证的款项；
• 行政处罚：情节严重的，可能被认定为偷税行为。

总结：异地预缴增值税扣除分包款时，发票是法定核心凭证，付款凭证非必需但可辅助证明。建议以合规发票为前提，妥善保存付款相关材料以备查验。如有具体案例或地区政策疑问，可进一步向我咨询。