核心结论：若因自建房施工不合格且已打欠条而被起诉，需根据具体情况采取应对措施，包括但不限于积极应诉、提出抗辩理由、举证证明施工不合格等。以下是具体分析：

1. 分析欠条性质与法律效力

   • 欠条作为债权债务关系的书面凭证，具有法律效力。但若能证明欠条是基于施工不合格这一前提而签署，且签署时存在重大误解或显失公平的情形，可主张欠条部分或全部无效。
   • 需审查欠条内容，确认是否明确记载了施工不合格的事实或双方对此有约定。若欠条中未提及施工问题，则需通过其他证据来证明。

2. 收集并整理证据

   • 收集施工过程中的相关证据，如施工合同、设计图纸、施工日志、验收报告等，以证明施工未达到约定标准或国家规范。
   • 若有第三方机构出具的检测报告或鉴定意见，证明房屋存在质量问题，这些将作为有力证据。
   • 保留与施工方的沟通记录，包括书面通知、邮件、短信等，证明已就施工问题提出过异议。

3. 提出抗辩理由

   • 在应诉过程中，可主张因施工不合格，导致房屋无法正常使用或存在安全隐患，因此拒绝支付剩余款项或要求减少支付金额。
   • 若施工方未履行修复义务，可主张其先履行修复责任，再行结算款项。
   • 还可考虑主张施工方构成违约，要求其承担违约责任，包括赔偿损失等。

4. 参与诉讼程序

   • 及时向法院提交答辩状及相关证据材料，明确己方立场及抗辩理由。
   • 积极参加庭审，就案件事实及法律适用问题与对方进行辩论。
   • 若对一审判决不服，可在法定期限内提起上诉。

5. 考虑和解或调解

   • 在诉讼过程中，双方可协商和解或请求法院进行调解。若能达成一致意见，可签订和解协议或调解书，以终结诉讼。
   • 和解或调解有助于节省诉讼成本及时间，且结果更具灵活性。

行动建议：

• 立即着手收集并整理相关证据材料。
• 咨询并委托专业律师代理诉讼事务，以确保权益得到充分保障。
• 积极参与诉讼程序，及时提出抗辩理由及证据。
• 考虑和解或调解的可能性，以寻求更为高效及经济的解决方案。

如有进一步疑问或需具体法律指导，请直接向我提问。