公司规定部门自负盈亏，这一做法本身并不直接违法，但若将部门盈利状况与员工工资发放直接挂钩，即部门盈利则发工资，不盈利则不发工资，这种做法是不合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：

1. 劳动合同的约定与变更

• 劳动合同的稳定性：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同一旦签订，即具有法律约束力，双方应严格履行。工资作为劳动合同的重要组成部分，其数额和支付方式应在合同中明确约定。
• 变更劳动合同的条件：若公司希望变更劳动合同中关于工资支付的内容，如将工资与部门盈利状况挂钩，必须与劳动者协商一致，并签订书面变更协议。未经劳动者同意，公司不得单方面变更劳动合同内容。

2. 工资支付的法律义务

• 工资支付的强制性：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，无论部门是否盈利，公司都有义务按时足额支付员工工资。
• 违法后果：若公司违反上述规定，拖欠或未足额支付员工工资，劳动者有权向劳动保障行政部门投诉，或申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的赔偿金。

3. 部门自负盈亏的合法性边界

• 自负盈亏的合法性：公司内部实行部门自负盈亏，作为一种内部管理机制，本身并不违法。它有助于激发部门的经营活力和责任感，提高整体运营效率。
• 合法性边界：然而，当部门自负盈亏的机制影响到员工的基本权益，如工资支付时，就超出了合法性的边界。公司不能通过内部规定来规避法律对工资支付的强制性要求。

4. 实际操作中的建议

• 审查劳动合同：公司应首先审查与员工签订的劳动合同，确保其中关于工资支付的条款符合法律规定。
• 协商变更：若公司希望调整工资支付方式，应与员工进行充分协商，并签订书面变更协议。
• 遵守法律义务：无论部门盈利状况如何，公司都应按时足额支付员工工资，避免违法风险。

总结来看，公司规定部门自负盈亏并不直接违法，但将部门盈利状况与员工工资发放直接挂钩的做法是不合法的。公司应遵守劳动合同和劳动法的相关规定，确保员工的基本权益不受侵害。若您在此方面遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议。