挂靠协议中的无效条款本身无效，但协议其他有效条款仍可能具有法律效力，具体需结合协议内容及法律规定综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、挂靠协议无效条款的认定
违反法律强制性规定：
- 在建筑、医疗等行业，挂靠行为往往被法律明确禁止。例如，《建筑法》规定，建筑施工企业不得以任何形式允许其他单位或个人使用其资质证书、营业执照承揽工程。若挂靠协议中的条款违反此类法律强制性规定，则该条款无效。
- 类似地，在其他行业，如果挂靠协议违背了相关法律的强制性规定，如关于企业资质、经营范围或特定行业准入的规定，同样会被认定为无效条款。
违背公序良俗：
- 若挂靠协议中的条款违背公序良俗，如通过挂靠协议掩盖非法目的（如诈骗、逃税等），则该条款无效。
- 此外，如果挂靠行为损害国家利益或社会公共利益，如某些项目的挂靠可能导致工程质量不达标，影响公共安全，损害社会大众的利益，那么涉及这些方面的条款也可能被认定为无效。
主体资格不符或意思表示不真实：
- 在订立挂靠协议时，如果实际的主体不具有订立该合同的资格，或者与挂靠方订立合同并非合同相对方的真实意思表示，那么涉及这些方面的条款也会因主体资格不符或意思表示不真实而被认定为无效。
二、挂靠协议中有效条款的认定
不违反法律强制性规定且符合民事法律行为有效要件：
- 如果挂靠协议中的条款不违反法律、行政法规的强制性规定，且符合民事法律行为的有效要件（即行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违背公序良俗），那么这些条款在双方之间可以被认定为有效。
- 例如，在一些不涉及特定资质要求、不违反法律法规禁止性规定的商业经营活动中，当事人签订的挂靠协议中关于合作方式、利益分配等条款可能有效。
协议部分有效与整体无效的区分：
- 需要注意的是，挂靠协议可能因部分条款无效而导致整个协议无效，也可能仅部分条款无效而其他条款仍然有效。这取决于无效条款对协议目的实现的影响程度以及协议其他部分的独立性。
- 如果无效条款是协议的核心条款，且其无效导致协议目的无法实现，那么整个协议可能被认定为无效。反之，如果无效条款仅涉及协议的非核心部分，且不影响协议其他部分的履行，那么其他部分可能仍然有效。
三、法律后果及风险提示
行政处罚：
- 挂靠行为可能导致责令改正、没收违法所得、并处罚款等行政处罚。这些处罚不仅针对挂靠方，也可能涉及被挂靠方。
民事赔偿责任：
- 虽然挂靠协议中的无效条款不产生法律效力，但双方之间可能因挂靠行为产生实际的民事关系。若一方因挂靠行为遭受损失，另一方可能需要承担相应的民事赔偿责任。这取决于双方在挂靠行为中的过错程度以及损失与挂靠行为的因果关系。
刑事追究：
- 在某些情况下，挂靠行为甚至可能涉及刑事犯罪，如诈骗、逃税等。相关责任人将面临刑事追究和相应的法律制裁。
四、建议与启示
严格遵守法律法规：
- 企业在经营过程中应严格遵守相关法律法规，确保自身具备相应的资质和经营范围，避免签订包含无效条款的挂靠协议。
仔细审查合同条款：
- 在签订挂靠协议时，应仔细审查合同条款，确保合同内容合法、有效，并真实反映双方的真实意愿。特别要注意避免包含违反法律强制性规定、违背公序良俗或主体资格不符的条款。
增强法律意识：
- 企业和个人应增强法律意识，了解挂靠协议的法律风险和后果，以便在签订和执行挂靠协议时做出明智的决策。
举例说明：假设某建筑企业允许无资质的个人以本企业名义承揽工程，并签订了挂靠协议。协议中包含了一条“被挂靠方不承担任何工程质量责任”的条款。由于该条款违反了建筑领域关于资质管理的强制性规定，且可能损害社会公共利益（如工程质量不达标影响公共安全），因此该条款无效。但协议中关于合作方式、利益分配等其他不违反法律强制性规定的条款可能仍然有效。
如有进一步疑问或需要针对具体挂靠协议进行法律分析，请直接向我咨询。