事业单位工程未结束签字付款，可能构成违法行为，但具体是否违法需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从合同履行角度分析
合同约定：
- 如果事业单位与承包方签订的工程合同中明确约定了付款条件，如工程完工并验收合格后付款，那么在工程未结束时签字付款，就违反了合同约定。这种行为可能构成违约，需要承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
合同履行原则：
- 根据《民法典》的相关规定，合同双方应当按照约定全面履行自己的义务。在工程未结束时签字付款，可能违反了合同履行的诚实信用原则和全面履行原则。
二、从财务管理角度分析
财务制度：
- 事业单位通常有严格的财务管理制度，包括工程款的支付流程。如果工程未结束就签字付款，可能违反了单位的财务制度，需要承担相应的内部责任，如受到纪律处分等。
审计风险：
- 这种行为还可能增加单位的审计风险。如果审计部门发现工程未结束就付款，可能会对单位的财务管理提出质疑，甚至引发更深入的调查。
三、从法律责任角度分析
民事责任：
- 如果因工程未结束就付款导致工程质量问题或承包方违约，事业单位可能需要承担民事责任，如赔偿损失、承担修复费用等。
行政责任或刑事责任：
- 在极端情况下，如果这种行为涉及贪污、受贿等违法行为，相关责任人还可能承担行政责任或刑事责任。不过，这种情况需要具体的证据支持，不能仅凭工程未结束就付款这一行为就断定存在贪污、受贿。
四、建议与措施
严格遵守合同约定：
- 事业单位应严格遵守与承包方签订的工程合同，按照合同约定的付款条件和流程进行付款。
加强财务管理：
- 事业单位应建立健全的财务管理制度，规范工程款的支付流程，确保付款行为的合法性和合规性。
强化内部监督：
- 事业单位应加强对工程付款行为的内部监督，防止因个人行为导致单位承担不必要的法律责任。
如果有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更详细、更专业的法律意见。