结论：工程款多结算未付款是否违纪，需结合具体情况判断，可能涉及违纪、违法甚至犯罪，也可能仅属于民事纠纷范畴。以下从不同角度详细分析：
一、可能涉及违纪的情况
内部财务管理制度违反：
- 若工程款结算过程中，相关人员故意多结算款项，且未按照公司或单位的内部财务管理制度进行审批和支付，这种行为可能违反了单位的财务管理规定，从而构成违纪。例如，某些单位明确规定工程款结算需经过多级审批，若相关人员绕过审批流程或提供虚假审批材料，即属于违纪行为。
职务侵占或贪污嫌疑：
- 如果多结算的工程款被相关人员非法占有或挪用，且数额较大，这种行为可能涉嫌职务侵占或贪污。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为；贪污罪则是指国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。
二、可能涉及违法但非犯罪的情况
不当得利：
- 若工程款多结算是由于计算错误或合同条款理解偏差等原因导致的，且接收方明知或应知多结算款项而未主动退还，这种行为可能构成不当得利。根据《中华人民共和国民法典》的规定，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。
合同违约：
- 如果工程款结算多付是由于合同双方对合同条款的理解或执行存在分歧导致的，且这种分歧不构成故意欺诈或恶意串通，那么这种行为可能构成合同违约。根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，违约方需承担违约责任，包括继续履行、采取补救措施或赔偿损失等。
三、民事纠纷范畴
- 在许多情况下，工程款多结算未付款可能仅属于民事纠纷范畴。例如，由于计算错误或合同条款模糊等原因导致的多结算，双方可以通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。在这种情况下，虽然不涉及违纪或违法犯罪，但仍然需要依法处理，以维护双方的合法权益。
四、建议与措施
内部审查与整改：
- 对于涉及违纪的情况，建议相关单位立即进行内部审查，查明事实真相，并依据内部规章制度对相关责任人进行处理。同时，加强财务管理和内部控制，防止类似事件再次发生。
法律途径解决：
- 对于涉及违法或民事纠纷的情况，建议双方通过法律途径解决争议。可以咨询专业律师，了解自身权益和义务，并依法提起诉讼或申请仲裁。
加强合同管理与风险防控：
- 在未来的工程款结算过程中，建议双方加强合同管理，明确合同条款和结算方式，避免模糊和歧义。同时，建立风险防控机制，及时发现和纠正结算过程中的问题，确保工程款结算的准确性和合法性。
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