个人挂靠公司承包工程，在结算时取费是否合法，需分情况讨论：

1. 挂靠行为本身的合法性：

   • 根据我国相关法律法规，挂靠行为（即个人或无资质的单位借用有资质的建筑施工企业名义承揽工程）是违法的。这种行为违反了建筑市场的准入规则，破坏了市场的公平竞争环境。
   • 如果挂靠行为本身就不合法，那么基于这种非法行为所产生的任何费用结算，包括取费，都可能面临法律上的挑战。

2. 取费行为的合法性分析：

   • 若挂靠协议无效：由于挂靠行为违法，挂靠协议通常会被认定为无效。在协议无效的情况下，取费行为可能缺乏合法依据，因为无效协议自始不具有法律约束力。
   • 若取费涉及非法利益：即使挂靠协议在某些情况下被视为存在（尽管违法），但如果取费行为涉及非法利益，如通过不正当手段获取额外费用，那么这种取费行为也是不合法的。
   • 合法取费的可能性：在极少数情况下，如果个人与被挂靠公司之间的费用结算能够证明是合理、合法且基于实际工作量的，并且不违反法律法规的强制性规定，那么这种取费行为可能在一定程度上被视为合法。但这种情况极为罕见，且需要严格的法律证明。

3. 法律后果与风险提示：

   • 对于个人而言，挂靠行为可能导致工程款难以追回、承担法律责任等风险。
   • 对于被挂靠公司而言，允许个人挂靠可能面临行政处罚、民事赔偿等法律后果。
   • 如果双方因取费问题产生纠纷，可能引发诉讼或仲裁等法律程序，增加解决纠纷的成本和时间。

建议与措施：

• 避免挂靠行为：个人应寻求合法途径参与工程建设，如通过合法招标、投标程序获得工程承包权。
• 完善合同条款：如果确实存在挂靠情况（尽管不推荐），双方应明确合同条款，包括费用结算方式、标准等，并尽量使合同内容合法化（但需注意，这并不能改变挂靠行为本身的违法性）。
• 寻求法律帮助：在涉及工程承包、费用结算等法律问题时，应及时咨询专业律师，以确保自身权益得到合法保护。

总结：个人挂靠公司承包工程在结算时取费，大多数情况下是不合法的。这主要是因为挂靠行为本身违反了法律法规的强制性规定。因此，建议个人和被挂靠公司都应遵守法律法规，避免挂靠行为，以确保工程建设的合法性和安全性。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。