针对您提出的“职工犯罪，公司依据规章制度追缴已发工资”的问题，这是一个涉及劳动法、公司法以及刑事法律交叉的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、职工犯罪与工资追缴的基本原则

1. 区分犯罪性质与工资关系：

   • 首先，需要明确职工的犯罪行为是否与其在公司的工作直接相关，以及工资是否作为犯罪所得的一部分。如果工资是职工通过正常劳动获得的合法报酬，且与犯罪行为无直接关联，那么公司通常无权追缴。
   • 如果工资中包含了因犯罪行为所获得的不当利益（如贪污、受贿等所得），则这部分工资可能面临被追缴的风险。

2. 遵循法律程序：

   • 公司在追缴工资时，必须严格遵守法律程序，包括但不限于向相关部门报告、提供证据、经过司法审查等。
   • 职工也有权对追缴行为提出异议，并通过法律途径进行申诉和救济。

二、公司依据规章制度追缴工资的合法性

1. 规章制度的合法性审查：

   • 公司制定的规章制度必须符合法律法规的要求，且经过民主程序（如职工代表大会讨论、公示等）制定。
   • 如果规章制度中关于追缴工资的条款违反了法律法规或未经过合法程序制定，那么这些条款可能无效。

2. 追缴行为的合理性：

   • 即使规章制度合法，公司在追缴工资时也需要考虑行为的合理性。例如，追缴的金额是否合理、是否超出了职工因犯罪行为所获得的不当利益范围等。
   • 如果追缴行为过于苛刻或不合理，可能引发劳动争议或法律纠纷。

三、具体操作建议

1. 审查职工犯罪事实与工资关系：

   • 公司应首先审查职工的犯罪事实是否与其在公司的工作直接相关，以及工资是否作为犯罪所得的一部分。
   • 如果工资与犯罪行为无直接关联，公司应谨慎处理追缴事宜，避免侵犯职工的合法权益。

2. 咨询法律专业人士：

   • 在处理此类复杂问题时，公司应咨询法律专业人士的意见，以确保追缴行为的合法性和合理性。
   • 法律专业人士可以为公司提供法律建议、协助制定合法合理的规章制度、参与劳动争议调解或诉讼等。

3. 保障职工合法权益：

   • 在追缴工资的过程中，公司应充分保障职工的合法权益，如提供申诉渠道、确保追缴行为符合法律程序等。
   • 如果职工对追缴行为有异议，公司应积极与其沟通协商，寻求妥善解决方案。

四、案例参考与风险提示

• 案例参考：在实际司法实践中，已有类似案例涉及公司追缴职工因犯罪行为所获得的不当利益。这些案例通常强调法律程序的遵循和职工合法权益的保障。
• 风险提示：如果公司在追缴工资的过程中违反了法律法规或侵犯了职工的合法权益，可能面临劳动争议、行政处罚甚至刑事责任等风险。

综上所述，公司在处理职工犯罪并依据规章制度追缴已发工资的问题时，应谨慎行事、遵循法律程序、保障职工合法权益，并咨询法律专业人士的意见以确保行为的合法性和合理性。