结论：是否能办理转让协议需分情况讨论，具体如下：

1. 若房东（其丈夫）明确授权妻子代为办理转让事宜
   根据《民法典》第161条，民事主体可以通过代理人实施民事法律行为。若房东（房屋所有权人）出具书面授权委托书，明确授权妻子代为签订转让协议、收取转让费等权限，则妻子有权代为办理，协议合法有效。
   关键点：授权需具体、明确，且最好采用书面形式（如委托书、公证文件），避免口头授权引发争议。

2. 若未取得房东明确授权，妻子擅自办理转让
   此时协议可能面临效力风险。根据《民法典》第171条，未经被代理人（房东）追认，无权代理行为对被代理人不发生效力。若房东事后拒绝认可协议，受让方可能无法取得店铺经营权，甚至需承担违约责任。
   例外情形：若妻子能证明其行为构成“表见代理”（如长期代管房屋、持有房产证等，使受让方有理由相信其有代理权），协议可能被认定为有效，但需结合具体证据判断。

3. 若房屋为夫妻共同财产，但仅登记在丈夫名下
   根据《民法典》第301条，处分共有的不动产需经全体共同共有人同意。即使房屋登记在丈夫一人名下，若属于夫妻共同财产，妻子作为共有人需参与决策。若丈夫未经妻子同意擅自转让，妻子可主张协议无效或要求赔偿。
   但本题中，妻子是代为办理转让的一方，若她同时是共有人，需区分其身份：

   • 作为共有人，她有权对共有财产的处置发表意见；
     
   • 作为代理人，她需以房东（丈夫）的名义实施行为，且需房东授权。

建议：

• 若您是受让方，务必要求房东（丈夫）出具书面授权委托书，并核对房产证、身份证等信息，确保代理权限真实；
  
• 若您是妻子（代理方），需与房东明确授权范围，避免越权行为；
  
• 若房屋为共同财产，建议夫妻双方共同签署转让协议，或至少取得另一方书面同意。
  

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