店铺转让协议中，房东不在场时协议是否有效，关键在于是否获得了房东的明确同意。以下从不同角度为您详细分析：

一、房东同意是转让有效的前提

1. 法律规定：根据《中华人民共和国民法典》第七百一十六条，承租人经出租人（即房东）同意，可以将租赁物转租给第三人。这意味着，未经房东同意的转租行为是无效的。

2. 同意形式：房东的同意可以是口头的，但为了避免后续纠纷，最好取得房东的书面同意。书面同意可以明确房东对转租行为的认可，以及转租的具体条件（如转租期限、租金等）。

二、房东不在场时的处理方式

1. 事后确认：如果房东在签订转让协议时不在场，承租人应尽快与房东联系，取得其书面或口头的明确同意，并最好补充书面确认文件。

2. 邀请参与：为了避免纠纷，承租人可以邀请房东参与转让过程的讨论和确认。这样不仅可以确保房东的同意，还能让房东了解转租的具体情况，减少后续矛盾。

三、未经房东同意的后果

1. 合同无效：如果承租人未经房东同意就擅自转让店铺，那么这种转让行为是违法且无效的。新承租人可能无法获得店铺的合法使用权，甚至可能面临被房东驱逐的风险。

2. 法律责任：擅自转让的行为还可能导致承租人承担违约责任。房东有权依据《民法典》的相关规定解除租赁合同，并要求承租人赔偿因违约而产生的损失。

四、建议与注意事项

1. 确保合法合规：在进行店铺转让时，承租人必须严格遵守法律规定，确保获得房东的明确同意。这是保障转让行为合法性和有效性的关键。

2. 完善协议条款：在签订转让协议时，应明确约定各方当事人的权利义务关系，包括转租期限、租金支付方式、违约责任等。这样可以在发生纠纷时提供明确的法律依据。

3. 及时沟通与确认：在整个转让过程中，承租人应与房东保持密切沟通，及时确认房东的同意和意见。这有助于减少误解和纠纷的发生。

总结来看，店铺转让协议中房东不在场并不直接导致协议无效，但关键在于是否获得了房东的明确同意。为了避免法律风险和纠纷，建议您在进行店铺转让时务必确保房东的同意，并最好取得书面确认文件。如果您在店铺转让过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。